如何去掉“”对象名称和循环工作？

Question

我不知道如何准确定义这个问题；但我无法弄清楚这一点，

    genx <- list(scaffold_1 = c("AAATTTTTATAT"),scaffold_2 = c("AAATTTTTATAT"),
    scaffold_3 = c("AAATTTTTATAT"),scaffold_4 = c("AAATTTTTATAT"),
    scaffold_5 = c("AAATTTTTATATA"),scaffold_6 = c("AAATTTTTATAT"),
scaffold_7 = c("AAATTTTTATAT"),scaffold_8 = c("AAATTTTTATATA"))


TATA = "TATA"   
      myobs <- paste("genx$scaffold_", 1:8, sep = "")

我想将以下函数应用于 myobs 元素（是对象）的每个元素：

source("http://www.bioconductor.org/biocLite.R")

biocLite("Biostrings")
require((Biostrings)

countPattern (TATA, genx$scaffold_1, max.mismatch = 1)
[1] 3  

当我使用以下内容时：

countPattern (TATA, myobs[1], max.mismatch = 1)

不起作用，因为我相信解释为：

countPattern (TATA, "genx$scaffold_1", max.mismatch = 1)
 [1] 0 

与上面不同一。如何摆脱“”并创建一个循环来执行这项工作，感谢您的建议：

Answer 1

您可以直接使用列表并执行 sapply 操作，该操作作用于列表的每个元素。这是一些示例代码

sapply(genx, countPattern, pattern = TATA, max.mismatch = 1)

Answer 2

您可以使用get函数

a  <- 12
get("a") # returns 12

Answer 3

这个怎么样：

sapply(genx, function (x) { countPattern(TATA, x, max.mismatch = 1) })

Answer 4

有一个问题：

get("genx$scaffold_1")

因为 R 认为您正在寻找具有该全名的对象，而不是“genx”的“scaffold_1”组件。

应该有效的是：

eval(parse(text="genx$scaffold_1"))

但是请参阅：

fortune(106)

更多的麻烦点可以在“The R Inferno”中找到：http://www.burns-stat.com/pages/Tutor/R_inferno.pdf

Answer 5

我建议您将 genx$scaffold 定义为向量，然后您可以轻松使用 apply 函数：

genx = data.frame(scaffold = c(1, 2, 3, 4)) # genx$scaffold is a vector

现在您可以轻松地在每个 genx$ 上运行 countPattern() 函数脚手架的元素

apply(as.matrix(genx$scaffold), 1, 
    function (x) { countPattern(TATA, x, max.mismatch = 1) })

您可以轻松扩展解决方案，以便 genx$scaffold 也可以是矩阵等。