如何在 R 中将树转换为树状图？

Question

如何将树（Java 程序的输出）转换为 R 中的树形图？

目前，我正在使用此处给出的建议将树转换为 Newick 格式< /a>.然后我使用 R 中的 ape 包来读取 Newick 格式的树：

library("ape")
cPhylo <- read.tree(file = "gc.tree")

最后我使用 R 中的 as.hclust 将树转换为树状图：

dendrogram <- as.hclust(gcPhylo)

然而，树状图需要分支长度。尽管我插入了分支长度，但我收到一条错误消息，指出该树不是超度量的：

as.hclust.phylo(gcPhylo) 中的错误：树不是超度量的

我想我在插入分支长度时做错了什么。

我还有其他方法可以遵循吗？或者如何在将树转换为 Newick 格式时插入分支长度？相等的分支长度就可以了。

Answer 1

这是一个老问题，但迄今为止没有足够的答案。由于我遇到了同样的问题，并且我的 googlefoo 无法找到答案，所以您可以：

library("ape")
cPhylo <- read.tree(file = "gc.tree")
dendrogram <- chronos(cPhylo)

Answer 2

这是一个老问题，但是之前的所有答案都要求在将树转换为树形图对象之前将树制作为超度量。

您可以使用 DECIPHER 包从 Newick 格式的文件中读取树状图对象：

dend <- ReadDendrogram(path_to_newick_file)

Answer 3

我认为问题实际上是你的“gc.tree”不是超度量的。确保从根部到每个尖端的距离相同。以下代码有效：

library('ape')
tree <- read.tree(text='(((A:4.2,B:4.2):3.1,C:7.3):6.3,D:13.6);')
is.ultrametric(tree)
is.binary.tree(tree)
is.rooted(tree)
hc <- as.hclust.phylo(tree)

但使树成为非超度量（注意 D 的分支长度）：

tree <- read.tree(text='(((A:4.2,B:4.2):3.1,C:7.3):6.3,D:15);')

并且 as.hclust.phylo 将引发错误。