如何让 Sweave 将图形放在单独的文件夹中并以 Rnw 文件命名

Question

我已经看到了一些与此相关的问题，但无法弄清楚如何做我想做的事情。

默认情况下，Sweave 通过连接 Rnw 文件的名称和图形对象标签的名称来创建图形。

从这个问题（Make Sweave + RweaveHTML 将所有图形放入指定的文件夹）如果我想要文件夹 foo 中的所有图形并命名为 bar-graphic 我可以使用

\SweaveOpts{prefix.string=foo/bar}

但是如何获取文件夹 foo 中但命名为 rnwfile-graphic 的图形？

Answer 1

好吧，这可能应该分配给最内层的地狱，但我知道获取当前运行脚本的名称的唯一方法是使用（滥用？）附加到函数的源引用。考虑文件中的这个 Sweave 块 foo.Rnw

<<>>=
foo <- function(x) {x}
srcref <- attr(body(foo), "srcref")[[1]]
attr(srcref, "srcfile")$filename
@

当我使用 Sweave 处理 foo.Rnw 时，我得到：

\begin{Schunk}
\begin{Sinput}
> foo <- function(x) {
+     x
+ }
> srcref <- attr(body(foo), "srcref")[[1]]
> attr(srcref, "srcfile")$filename
\end{Sinput}
\begin{Soutput}
[1] "foo.Rnw"
attr(,"encoding")
[1] "ASCII"
\end{Soutput}
\end{Schunk}

您可以在 Sweave 文件的顶部创建一个虚拟函数，pull从源引用中取出 $filename ，并对其进行处理以删除扩展名，例如：

> sub("\\.Rnw", "", "foo.Rnw")
[1] "foo"

然后构建 prefix.string 所需的字符串，并说出

<<>>=
fname <- sub("\\.Rnw", "", attr(srcref, "srcfile")$filename)
prefix.string <- paste("foo/", fname, "-graphic", sep = "")
@

\SweaveOpts{prefix.string=\Sexpr{prefix.string}}

其中prefix.string 包含构建的路径和前缀。

这是一个完整的示例：

<<>>=
foo <- function(x) {x}
srcref <- attr(body(foo), "srcref")[[1]]
attr(srcref, "srcfile")$filename
@

<<>>=
fname <- sub("\\.Rnw", "", attr(srcref, "srcfile")$filename)
prefix.string <- paste("foo/", fname, "-graphic", sep = "")
@

\SweaveOpts{prefix.string=\Sexpr{prefix.string}}

<<fig=TRUE>>=
plot(1:10)
@

当由 Sweave 处理时给出：

\begin{Schunk}
\begin{Sinput}
> foo <- function(x) {
+     x
+ }
> srcref <- attr(body(foo), "srcref")[[1]]
> attr(srcref, "srcfile")$filename
\end{Sinput}
\begin{Soutput}
[1] "foo.Rnw"
attr(,"encoding")
[1] "ASCII"
\end{Soutput}
\end{Schunk}

\begin{Schunk}
\begin{Sinput}
> fname <- sub("\\.Rnw", "", attr(srcref, "srcfile")$filename)
> prefix.string <- paste("foo/", fname, "-graphic", sep = "")
\end{Sinput}
\end{Schunk}



\begin{Schunk}
\begin{Sinput}
> plot(1:10)
\end{Sinput}
\end{Schunk}
\includegraphics{foo/foo-graphic-003}

根据您认为合适的方式进行调整。

Answer 2

虽然 Gavin 的 hack 很棒，但如果您确实希望 Sweave 做不同类型的事情，最好的方法是编写自己的驱动程序；例如，我使用这种方法让 Sweave 以不同的方式缩放不同的图形。您不必从头开始，只需根据需要修改现有代码即可。

对于这种情况，只有几个小功能需要更改，但是，由于命名空间问题，从所有 Sweave 代码开始会更容易；你可以获得2.13 Sweave代码在这里。

必要的更改如下。他们添加了一个新选项 subdir，并将其添加到原始 chunkprefix 之前，这是 rnw 文件的名称。需要 SweaveParseOptions 行，因为该函数不是由 utils 导出的，而是位于不同的源文件中。

16a17,18
> SweaveParseOptions <- utils:::SweaveParseOptions
> 
69c71
<                     concordance = FALSE, expand = TRUE, figs.only = FALSE)
---
>                     concordance = FALSE, expand = TRUE, figs.only = FALSE, subdir=".")
520c522
<                    "grdevice")
---
>                    "grdevice", "subdir")
568c570
<     chunkprefix
---
>     file.path(options$subdir, chunkprefix)

将更改保存为 SweaveDriversNew.R 后，将选项放入 Rnw 文件中，如下所示

\SweaveOpts{subdir=foo}

，然后使用新驱动程序进行 Sweave，如下所示。

source("SweaveDriversNew.R")
Sweave("test.Rnw", driver=RweaveLatex)

结果是图像被命名为 foo/test-graphic.pdf，其中 foo 在 Sweave 文件中定义，而 test 是自动从Sweave 文件的名称。