具有两个数组的嵌套循环

Question

我有两组元素数量可变的数组，例如：

chain=(BC)

hresname=(BMA MAN NAG NDG)

我正在解析许多文件，这些文件可能包含数组链中给定位置的元素和元素数组 hresname 位于不同位置（两种情况下位置始终固定）。这是数据的示例：

ATOM   5792  CB  MET D 213      49.385  -5.683 125.489  1.00142.66           C  
ATOM   5793  CG  MET D 213      50.834  -5.674 125.990  1.00154.50           C  
ATOM   5794  SD  MET D 213      51.530  -7.337 126.277  1.00164.73           S  
ATOM   5795  CE  MET D 213      52.854  -7.386 125.068  1.00169.73           C  
HETATM 5797  C1  NAG B 323      70.090  50.934 125.869  1.00 86.35           C  
HETATM 5798  C2  NAG B 323      69.687  52.074 126.879  1.00 95.95           C  
HETATM 5799  C3  NAG B 323      68.377  52.740 126.390  1.00 87.65           C  
HETATM 5800  C4  NAG B 323      68.598  53.314 125.014  1.00 83.97           C  

首先，我需要复制以 ATOM 开头的行，其第五列与数组链的每个元素匹配到单独的文件：

while read pdb ; do

for c in "${chain[@]}" ; do
#if [ ${#chain[@]} -eq 1 ] && \
if [ $(echo "$pdb" | cut -c1-4) == "ATOM" ] && \
   [ $(echo "$pdb" | cut -c22-23) == "${chain[$c]}" ]; then   
echo "$pdb" >> ../../properpdb/${pdbid}_${chain[$c]}.pdb
fi
done

done < ${pdbid}.pdb

这效果很好（缓慢但可靠）。带注释和未注释的版本都可以工作。

接下来，我想复制以 HETATM 开头且其第四列与 hresname 的元素匹配的行，但前提是这些行也与链数组中第 5 列的元素匹配：

while read pdb ; do

for c in "${chain[@]}" ; do
for h in "${hresname[@]}" ; do
if [ ${#chain[@]} -eq 1 ] && \
   [ $(echo "$pdb" | cut -c1-6) == "HETATM" ] && \
   [ $(echo "$pdb" | cut -c22-23) == "${chain[$c]}" ] \
   [ $(echo "$pdb" | cut -c18-20) == "${hresname[$h]}" ] ; then
echo "$pdb" >> ../../properpdb/${pdbid}_${chain[$c]}.pdb
fi
done
done

done < ${pdbid}.pdb

但是，这不起作用。我反复收到错误：

line 66: [: too many arguments

第 66 行是：

   [ $(echo "$pdb" | cut -c22-23) == "${chain[$c]}" ] \

这让我很困惑，因为即使我将循环限制为包含单个元素的链数组，也会发生错误。

根据其他 StackOverflow 问题，在 bash 中应该完全可以做到这一点。知道问题出在哪里吗？

Answer 1

您要添加 &&，请更改此行：

[ $(echo "$pdb" | cut -c22-23) == "${chain[$c]}" ] \

要

[ $(echo "$pdb" | cut -c22-23) == "${chain[$c]}" ] &&\

更新：
脚本中有太多错误，我已修复它，现在可以使用了。我建议你先阅读 bash 手册中的 for 循环语法。

chain=(B C)                                                                                                                                
hresname=(BMA MAN NAG NDG)
while read pdb ; do
    for c in ${chain[@]} ; do
        for h in ${hresname[@]} ; do
            if [ $(echo "$pdb" | cut -c1-6) == "HETATM" ] && \
               [ $(echo "$pdb" | cut -c22-23) == "$c" ] && \
               [ $(echo "$pdb" | cut -c18-20) == "$h" ] ; then
                echo "$pdb" >> ../../properpdb/${pdbid}_${chain[$c]}.pdb
            fi
        done
    done
done