在分析中将行名称引用为数字（geiger 包）

Question

我正在尝试在 R 中的geiger包中执行tip.disparity函数。

我的数据：

Family    Length   Wing    Tail  
Alced    2.21416 1.88129 1.66744 
Brachypt 2.36734 2.02373 2.03335 
Bucco    2.23563 1.91364 1.80675 

当我使用函数“name.check”检查数据中的名称与我的树上的名称是否匹配时，它返回

$data.not.tree
[1] "1" "10" "11" "12" "2" etc

显示它是按数字指代名称。我尝试过转换为字符向量等，

我尝试过运行它，

data.names=NULL

我只是想编辑我的数据框，以便包将名称与我的树中的名称相匹配（树是 newick 格式）

希望这更清楚 谢谢

Answer 1

我相信线索在文档中（？check.names）：

data.names: names of the tips in the order of the data; if this is not
          given, names will be taken from the names or rownames of the
          object data

如果您希望程序返回数据框中包含但不存在于树中的分类单元的名称，您可以需要指定相应的名称作为数据框的行名称，或者在 data.names 参数中单独指定它们。请注意，数据框的默认行名称是行号的字符，与您在上面看到的完全相同......

根据上面的附加信息进行编辑：

R 无法猜测（或不想）这些名称包含在数据框的 Family 元素中。尝试：

check.names(traitdata,tree,data.names=as.character(traitdata$Family))

从长远来看可能更好：

rownames(traitdata) <- as.character(traitdata$Family)
traitdata <- subset(traitdata,-Family)
check.names(traitdata,tree)

因为你不想将 Family 包含在你的特征数据集中 - 它是一个标识符，而不是一个特征......

如果你看一下包中给出的示例数据的结构：

data(geospiza)
geospiza.data

您可以看到分类单元名称作为行名称包含在内，而不是作为数据框本身的列...

PS 它不是一个很好的界面和 StackOverflow 一样，但是有一个非常友好和活跃的R-for-phylogeny 邮件列表位于 [电子邮件受保护] ...