查找SNP在gen列表中的位置

Question

我有 SNP 数据和基因列表数据。当我与基因列表进行比较时，我正在寻找基因列表数据中 SNP cotain 的位置。例如：

1. SNP 数据：

   Pos_start pos_end 
   14185 14185      
   …………   
   

2. 基因列表数据：

   5"side(pos_start) 3"sile(pos_end)
     1 1527      
     1920 1777 
     ………… 
   

3. 结果：在基因列表的 16185 位置包含在 SNP 的位置 14185 中。

下面是我的代码，但在对数字进行排序时遇到一些问题。

   #!/usr/bin/perl -w

   open(POS1,"<posi1.txt"); (I collect two data and save with posi1.txt) 
    @posi1=<POS1>;
   open(list,">list.txt");
   @list1=@posi1;
   @list2= sort num_last (@list1);
   $list2 = join( '', @list2);

   print $list2;
   print list $list2."\n\n";
   close(list);
  sub num_last {
my ($num_a, $num_b);
$num_a=$a=~ /＾[0-9]/;
$num_b=$b=~ /＾[0-9]/;
if ($num_a && $num_b){
    return $a<=>$b;
} elsif ($num_a){
    return 1;
} elsif ($num_b){
    return -1;
} else {
    return $a cmp $b;
}
      }

如果您能给一些指点，我将不胜感激。

Answer 1

首先，您的排序子程序不会对您传递的值进行操作。它应该类似于

sub num_last {
    my ($num_a, $num_b);
    my ($a,$b) = @_;
    ....
}

Than，如果字符串从数字开始，您实际上只能得到字符串中的第一个数字。最好添加跳过所有前导空格，以防万一。

($num_a) = $a =~ /^\s*(\d+)/;
($num_b) = $b =~ /^\s*(\d+)/;

\d+ 相当于 [0-9]+，但短两个字符:)。大括号强制 list context，因此 $num_a 和 $num_b 接收第一个匹配组的内容：(\d+) 。

然后，您不需要 <=> 运算符，因为 $num_a 和 $num_b 应该是字符串，因此您可以简化您的操作条件：

if (!$num_a)
    return -1;
if (!$num_b)   
    return 1;
return $a cmp $b;

不确定，但可能就像return $a cmp $b一样简单，但我不确定空var是否在字符串方面小于非空字符串，并且指尖没有perl。因此，最终的 num_last 函数：

sub num_last{
    my ($num_a, $num_b);
    my ($a,$b) = @_;

    ($num_a) = $a =~ /^\s*(\d+)/;
    ($num_b) = $b =~ /^\s*(\d+)/;

    if (!$num_a)
        return -1;
    if (!$num_b)   
        return 1;
    return $a cmp $b;
}

如果需要反向排序，只需将 my ($a,$b) = @_; 替换为 my ($b,$a) = @_;< /code>

而且，我在没有任何编译器帮助的情况下编写了它，因此其中可能存在一些小错误。