命令模块问题

Question

你好，我正在尝试通过导入命令模块在 python 中执行 bash 命令。我想我之前在这里问过同样的问题。然而这一次不起作用。 脚本如下：

#!/usr/bin/python

import os,sys
import commands
import glob

path= '/home/xxx/nearline/bamfiles'
bamfiles = glob.glob(path + '/*.bam')

for bamfile in bamfiles:
    fullpath = os.path.join(path,bamfile)
    txtfile = commands.getoutput('/share/bin/samtools/samtools ' + 'view '+ fullpath)
    line=txtfile.readlines()
    print line

这个 samtools 视图将生成（我认为）.txt 文件

我收到错误：

Traceback (most recent call last):
  File "./try.py", line 12, in ?
    txtfile = commands.getoutput('/share/bin/samtools/samtools ' + 'view '+ fullpath)
  File "/usr/lib64/python2.4/commands.py", line 44, in getoutput
    return getstatusoutput(cmd)[1]
  File "/usr/lib64/python2.4/commands.py", line 54, in getstatusoutput
    text = pipe.read()
SystemError: Objects/stringobject.c:3518: bad argument to internal function

似乎是commands.getoutput 的问题

谢谢

Answer 1

我建议使用 subprocess

从命令文档中：

自版本 2.6 起已弃用：命令模块已在 Python 3.0 中删除。请改用 subprocess 模块。

更新：刚刚意识到您正在使用Python 2.4。执行命令的一个简单方法是 os.system()

Answer 2

在谷歌上快速搜索“SystemError：Objects/stringobject.c：3518：内部函数的错误参数”会出现几个错误报告。例如 https://www.mercurial-scm.org/bts/issue1225 和http://www.modpython.org/pipermail/mod_python/2007-June/023852.html。这似乎是 Fedora 与 Python 2.4 结合的问题，但我不太确定。我建议您遵循 Michael 的建议并使用 os.system 或 os.popen 来完成此任务。为此，您的代码中的更改将是：

import os,sys
import glob

path= '/home/xxx/nearline/bamfiles'
bamfiles = glob.glob(path + '/*.bam')

for bamfile in bamfiles:
    fullpath = os.path.join(path,bamfile)
    txtfile = os.popen('/share/bin/samtools/samtools ' + 'view '+ fullpath)
    line=txtfile.readlines()
    print line