x、y 和 z 坐标的组合（存储在三个不同的文件中）

Question

我正在编写一个用于自动盲对接（查找蛋白质内的结合位点）的 bash 脚本。为此，我将一个大的 3D 网格划分为较小的重叠网格。

我创建了三个文件，分别包含子网格中心的 x、y 和 z 坐标。换句话说，一个文件包含所有可能的 x 坐标（每行一个），第二个文件包含所有 y 坐标，第三个文件包含所有 z 坐标。坐标具有三位小数，可以是正值也可以是负值。

现在我想找到 x、y 和 z 的所有可能组合。对于每个组合，我想创建一个文件夹（称为 x1y1z1、x1y2z1、x1y3z1 等），其中包含一个文本文件，其中 x、y 和 z 坐标对应于该特定组合。

我已经使用Python找到了相关问题的解决方案。但是，由于我不熟悉 Python 并且我已经有一个定义了很多变量的大型 bash 脚本，我想知道是否有一种简单的方法可以在 bash 或任何其他我可以轻松集成的语言中执行此操作在我现有的 bash 脚本中。

亲切的问候，

Miro

更新：

这是 Matt D 指出的解决方案的改编版本（感谢一百万）：

for x in $(cat centrex.tmp) ; do
 for y in $(cat centrey.tmp) ; do
  for z in $(cat centrez.tmp) ; do
      xvar=$(expr "$x" : '\(.*\)=.*')
      yvar=$(expr "$y" : '\(.*\)=.*')
      zvar=$(expr "$z" : '\(.*\)=.*')
      folder="${xvar}${yvar}${zvar}"
      mkdir $folder
      echo "center_x = "${x#*=} >> vinapar.conf
      echo "center_y = "${y#*=} >> vinapar.conf
      echo "center_z = "${z#*=} >> vinapar.conf
      cp vinapar.conf $folder/
      rm vinapar.conf
   done
 done
done

这样做的原因是最终我以这种方式格式化了我的 centerX.tmp 文件：

x00=-15.349
x01=-10.349
x02=-5.349
...

这允许我命名文件夹根据等号（x01y23z09）之前的块，然后创建包含实际坐标的文件。

Answer 1

如果您想要内容的所有组合，这将是一个三重嵌套循环。

#!/bin/bash
for x in $(cat xfile) ; do
  for y in $(cat yfile) ; do
    for z in $(cat zfile) ; do
      filename="$x$y$z"
      mkdir $filename
      # makes a file called xyz in dir xyz with contents "xyz"
      echo $filename > $filename/$filename 
    done
  done
done

编辑：此表单将使用读取（尚未测试）

#!/bin/bash
while read x ; do
  while read y ; do
    while read z ; do
      filename="$x$y$z"
      mkdir $filename
      # makes a file called xyz in dir xyz with contents "xyz"
      echo $filename > $filename/$filename 
    done < zfile
  done < yfile
done < xfile