将 Excel 文件导入 R、xlsx 或 xls

Question

请有人帮助我找到将 excel 2007 (.xlsx) 文件导入 R 的最佳方法。我尝试了多种方法，但似乎都不起作用。我已经升级到2.13.1，windows XP，xlsx 0.3.0，我不知道为什么错误不断出现。我尝试过：

AB<-read.xlsx("C:/AB_DNA_Tag_Numbers.xlsx","DNA_Tag_Numbers")

或者

AB<-read.xlsx("C:/AB_DNA_Tag_Numbers.xlsx",1)

但收到错误：

 Error in .jnew("java/io/FileInputStream", file) : 
  java.io.FileNotFoundException: C:\AB_DNA_Tag_Numbers.xlsx (The system cannot find the file specified)

谢谢。

Answer 1

对于没有繁琐的外部依赖项*的解决方案，现在有 readxl：

readxl 包可以轻松地将数据从 Excel 中取出并输入 R。
与许多现有的软件包（例如 gdata、xlsx、
xlsReadWrite) readxl 没有外部依赖项，因此很容易
在所有操作系统上安装和使用。它旨在与
表格数据存储在单个工作表中。

Readxl 支持传统的 .xls 格式和现代的基于 xml 的格式
.xlsx 格式。通过 libxls C 库可以实现 .xls 支持，
它抽象了底层二进制文件的许多复杂性
格式。为了解析 .xlsx，我们使用 RapidXML C++ 库。

它可以像这样安装：

install.packages("readxl") # CRAN version

或

devtools::install_github("hadley/readxl") # development version

用法

library(readxl)

# read_excel reads both xls and xlsx files
read_excel("my-old-spreadsheet.xls")
read_excel("my-new-spreadsheet.xlsx")

# Specify sheet with a number or name
read_excel("my-spreadsheet.xls", sheet = "data")
read_excel("my-spreadsheet.xls", sheet = 2)

# If NAs are represented by something other than blank cells,
# set the na argument
read_excel("my-spreadsheet.xls", na = "NA")

* 不严格正确，它需要 Rcpp包，这又需要 Rtools（适用于 Windows）或 Xcode（适用于 OSX），它们是 R 外部的依赖项。但它们不需要任何路径等摆弄，因此这比 Java 和Perl 依赖项。

更新 现在有 rexcel 包。这有望从 Excel 文件中获取 Excel 格式、函数和许多其他类型的信息并输入 R。

Answer 2

您可能还想尝试 XLConnect 软件包。我的运气比 xlsx 好（而且它也可以读取 .xls 文件）。

library(XLConnect)
theData <- readWorksheet(loadWorkbook("C:/AB_DNA_Tag_Numbers.xlsx"),sheet=1)

另外，如果您遇到找不到文件的问题，请尝试使用 file.choose() 选择它。

Answer 3

已过时：自 2024 年起，read.xls 已从 gdata 中删除。

来自 NEWS 文件：“首先支持 Excel 文件早在 2004 年就在 gregmisc/gdata 1.11.0 中引入，但今天我们有 openxlsx、readxl、XLConnect 和 xlsx 等软件包，提供专用的 Excel 文件支持和更多功能。”

---

我肯定会尝试 gdata 包中的 read.xls 函数，它比 xlsx 包成熟得多。它可能需要 Perl ...

Answer 4

更新

由于下面的答案现在有些过时，我只是提请注意 readxl 包。如果 Excel 工作表格式正确/布局良好，那么我现在将使用 readxl 从工作簿中读取内容。如果工作表格式不佳/布局不当，那么我仍然会导出到 CSV，然后通过 read.csv() 或普通的旧 readLines() 处理 R 中的问题。

原始

我的首选方法是将单个 Excel 工作表保存在逗号分隔值 (CSV) 文件中。在 Windows 上，这些文件与 Excel 关联，因此您不会失去在 Excel 中双击打开的“功能”。

CSV 文件可以使用 read.csv() 读入 R，或者，如果您位于某个位置或使用设置了某些欧洲设置的计算机（其中 , 为用作小数位），使用 read.csv2()。

这些函数具有合理的默认值，使读取适当格式的文件变得简单。只需将样本或变量的标签保留在第一行或第一列即可。

将文件存储在 CSV 中的额外好处是，由于文件是纯文本，因此可以非常轻松地传递它们，并且您可以确信它们可以在任何地方打开；人们不需要 Excel 来查看或编辑数据。

Answer 5

示例 2012：

library("xlsx")
FirstTable <- read.xlsx("MyExcelFile.xlsx", 1 , stringsAsFactors=F)
SecondTable <- read.xlsx("MyExcelFile.xlsx", 2 , stringsAsFactors=F)

• 我会尝试“xlsx”包，因为它很容易处理，而且看起来足够成熟，
• 对我来说工作得很好，不需要任何额外的东西，比如 Perl 或其他

示例 2015：

library("readxl")
FirstTable  <- read_excel("MyExcelFile.xlsx", 1)
SecondTable <- read_excel("MyExcelFile.xlsx", 2)

• 现在我使用 readxl 并获得了很好的体验。
• 不需要额外的东西
• 良好的性能

Answer 6

这个新包看起来不错 http://cran.r-project.org/ web/packages/openxlsx/openxlsx.pdf
它不需要 rJava，并使用“Rcpp”来提高速度。

Answer 7

如果您遇到同样的问题并且 R 给您一个错误 - 找不到函数“.jnew” - 只需安装 rJava 库即可。或者，如果您已经有了它，只需运行行库（rJava）。这应该是问题所在。

另外，每个人都应该清楚，csv 和 txt 文件更容易使用，但生活并不容易，有时您只需打开 xlsx。

Answer 8

对我来说 openxlx 包以最简单的方式工作。

install.packages("openxlsx")
library(openxlsx)
rawData<-read.xlsx("your.xlsx");

Answer 9

在意识到 xlxs 包尚未针对 R 3.1.0 进行更新后，我最近发现了 Schaun Wheeler 的将 excel 文件导入到 R 中的功能。

https://gist.github.com/schaunwheeler/5825002

文件名需要包含“ .xlsx”扩展名，并且运行该函数时无法打开该文件。

这个功能对于访问其他人的工作非常有用。与使用 read.csv 函数相比，主要优点是

• 导入多个 Excel 文件、
• 导入大文件
• 、定期更新的文件

使用 read.csv 函数需要手动打开和保存每个 Excel 文档，这非常耗时且非常无聊。因此，使用 Schaun 函数来自动化工作流程是一个巨大的帮助。

对 Schaun 的这个解决方案表示大力支持。

Answer 10

你的操作系统是什么？您运行的是哪个版本的 R：32 位还是 64 位？您安装了哪个版本的 Java？

当我第一次开始使用 read.xlsx() 函数时，我遇到了类似的错误，并发现我的问题（可能与您的问题相关，也可能不相关；至少，此响应应被视为“也试试这个”）与 .xlsx pacakge 与 64 位 Java 的不兼容有关。我相当确定 .xlsx 包需要 32 位 Java。

使用 32 位 R 并确保安装了 32 位 Java。这可能会解决您的问题。

Answer 11

您已经检查过 R 实际上能够找到该文件，例如 file.exists("C:/AB_DNA_Tag_Numbers.xlsx") 吗？ – Ben Bolker，2011 年 8 月 14 日 23:05

以上评论应该已经解决了您的问题：

require("xlsx")
read.xlsx("filepath/filename.xlsx",1) 

之后应该可以正常工作。

Answer 12

我已经非常努力地尝试了上面的所有答案。然而，他们实际上并没有帮助，因为我使用的是 Mac。 rio库有这个导入功能，基本上可以将任何类型的数据文件导入Rstudio，甚至是那些使用非英语语言的文件！

尝试以下代码：

    library(rio)
    AB <- import("C:/AB_DNA_Tag_Numbers.xlsx")
    AB <- AB[,1]

希望这会有所帮助。
更详细的参考：https://cran.r-project .org/web/packages/rio/vignettes/rio.html

Answer 13

如果导出为 OpenDocument 电子表格文件 (ods) 或较旧的 Excel 格式并使用 ODS 阅读器 或您上面提到的 Excel 阅读器。

Answer 14

正如这里许多人所说，我正在写同样的事情，但还有一点！

首先，我们需要确保我们的 R Studio 安装了这两个软件包：

1. “readxl”
2. “XLConnect”

为了在 R 中加载软件包，您可以使用以下功能：

install.packages("readxl/XLConnect")
library(XLConnect)
search()

搜索将显示您的当前可用软件包的列表R工作室。

现在另一个问题是，即使您可能拥有这两个包，但在读取“xlsx”文件时仍然可能会遇到问题，并且错误可能类似于“错误：列数多于列名”

要解决此问题，您只需重新保存 Excel 工作表即可“xlsx”到

“CSV（逗号分隔）”

，您的生活将变得超级轻松......

玩得开心！

Answer 15

xlsx 软件包的安装需要 rJava 和 xlsxjars。它们间接需要系统上特定的（32 或 64 位）java 运行时环境。

read.xlsx 的优点：在同一个包中，有 read.xlsx 和 write.xlsx

缺点：速度非常慢

正如所建议的，简单方法是从 Excel 中保存为 .csv 格式。

5800x15 数据集（中值）的简单基准

1. read.xlsx：>10000ms
2. read_xlsx：70ms
3. read.csv：15ms

Answer 16

您可以使用以下方法读取 xlsx 或 xls 文件。此方法仅适用于 Windows。

library(RDCOMClient)

path_Excel_File <- "D:/empty_Excel_File.xls"

xlApp <- COMCreate("Excel.Application")
xlApp[["Visible"]] <- TRUE
xlWbk <- xlApp$Workbooks()$Open(path_Excel_File)
Sheets <- xlWbk$Sheets()

Mat_Val <- matrix(NA, nrow = 2, ncol = 2)

for(i in 1 : 2)
{
  for(j in 1 : 2)
  {
    Mat_Val[i, j] <- Sheets[[1]]$Cells(i, j)$Value()
  }
}

Answer 17

openxlsx2

对于仅 xlsx 文件，您可以使用 openxlsx2 包，它旨在简化/增强原始 openxlsx 包。它于 2022 年添加到 CRAN：

library(openxlsx2)

df <- read_xlsx("Book1.xlsx")

# OR 

df <- wb_read("Book1.xlsx")

您可以使用 wb_load() 保留工作簿格式、样式等：

wb <- wb_load("Book1.xlsx")
df <- wb_to_df(wb) # specify importing options

因此，在您的特定情况下，其中任何一个都可以工作。您可以通过名称或索引指定工作表（此处仅使用工作表名称）：

AB <- read_xlsx("C:/AB_DNA_Tag_Numbers.xlsx","DNA_Tag_Numbers")
AB <- wb_read("C:/AB_DNA_Tag_Numbers.xlsx", "DNA_Tag_Numbers")

wb <- wb_load("C:/AB_DNA_Tag_Numbers.xlsx","DNA_Tag_Numbers")
AB <- wb_to_df(wb)