RODBC sqlSave 问题

Question

我在使用 RODBC 将数据框插入 mySql 数据库时遇到一些困难。 下面是我正在使用的代码：

data <- data.frame(analysedDataID=c(1,2,3), plateWell=c("a","b","c"), screenPlateOrder=c(1,2,3), wellData=c("A","B","C"))

con <- odbcConnect(DSN, uid="user_id", pwd="some_password")
query <- sqlSave(con, data, tablename = 'wellAnalysedDataTable', rownames=FALSE, append=TRUE)

当我尝试执行此代码时，我收到以下错误消息：

Error in odbcUpdate(channel, query, mydata, coldata[m, ], test = test,  : 
missing columns in 'data'

这是我试图将数据插入到的特定表：

+------------------+-------------+------+-----+---------+-------+
| Field            | Type        | Null | Key | Default | Extra |
+------------------+-------------+------+-----+---------+-------+
| analysedDataID   | int(10)     | YES  |     | NULL    |       | 
| plateWell        | varchar(10) | YES  |     | NULL    |       | 
| screenPlateOrder | int(10)     | YES  |     | NULL    |       | 
| wellData         | varchar(30) | YES  |     | NULL    |       | 
+------------------+-------------+------+-----+---------+-------+

我在这一点上真的很困惑，因为我读过一遍又一遍地查看文档，但就是无法使其发挥作用。任何帮助将不胜感激！

干杯!

---

谢谢！我添加了您建议的更改，并且案例似乎不再有问题。但是，我不断收到以下错误消息：

'index column(s) analysedDataID plateWell screenPlateOrder wellData not in data frame'

我正在执行的生成此错误的语句是：

sqlUpdate(con, data, tablename="wellAnalysedDataTable", index=c("analysedDataID", "plateWell", "screenPlateOrder", "wellData"))

这对我来说没有任何意义，因为列已经在具有相同列名的数据框中。

Answer 1

我知道非常老的问题，但我刚才遇到了（并为我的实例解决了）同样的问题，

Error in odbcUpdate(channel, query, mydata, coldata[m, ], test = test,  : 
  missing columns in 'data'

从使用

sqlSave(

Rodbc 包中得到了这个错误。

我通过设置解决了这个问题

,fast = F

如果其他人从第一个谷歌结果登陆这里，希望这有助于

编辑：
所以我从那以后就更多地研究了这个。
当按照我下面的建议将标志设置为“F”时，您将逐行插入数据库中。
虽然它是“T”，但如果一行不正确，它就会失败，但现在该行失败了，而您却不知道。因此数据库可能丢失了您认为存在的数据。
检查数据库中的行数与您期望从数据框中插入的行数。
您可能有一个不兼容的值。我现在要做的是在循环中使用“粘贴”函数来创建一个字符串，例如“插入 tableName 值（“eg1”，“eg2”）”，这样我就可以获得有关为什么它没有消失的错误消息进入数据库

Answer 2

不同的错误可能会导致相同的错误消息。因此尚不清楚这是否对您有帮助：
但是，如果“tablename='wellAnalysedDataTablealready' 已在 mySql 数据库中创建为空表，您将收到此错误。尝试将其删除并让 sqlsave(...) 函数处理它

Answer 3

我遇到了同样的错误，问题是目标表数据类型。即使看起来有可能进行数据转换。
解决步骤是：

1. 使用未使用的表名（新表）；
2. 设置append=False并获取错误消息中显示的“创建表”；
3. 在数据库中运行创建表；
4. “saveSql”现在可以与append=False 或append=True 一起使用。

设置“verbose=T”对于准确检查问题发生的位置很有用。

Answer 4

不久前我也遇到过同样的情况，我的问题是由于插入与目标表中的列不匹配的数据帧列号而引起的。所以这就是我所做的。我执行了 SQL 保存，并将附加设置为 false（这意味着创建一个名称与有问题的表不同的新表）。使用工作数据库的 INFORMATION_SCHEMA.COLUMNS 的 table_name 和 column_name 比较这两个表以确定缺少的列。

select * from INFORMATION_SCHEMA.COLUMNS
where TABLE_NAME='table1'
and COLUMN_NAME NOT IN
(
select COLUMN_NAME from INFORMATION_SCHEMA.COLUMNS
where TABLE_NAME='table2'
)

您可以互换使用 table1 和 table2。一个是 sqlsave 失败的表，而另一个是动态创建的表

Answer 5

> str(data)
'data.frame':   3 obs. of  4 variables:
 $ analysedDataID  : num  1 2 3
 $ plateWell       : Factor w/ 3 levels "a","b","c": 1 2 3
 $ screenPlateOrder: num  1 2 3
 $ wellData        : Factor w/ 3 levels "A","B","C": 1 2 3

您是否尝试过将数字设为整数并将因子设为字符？

 data <- data.frame(analysedDataID=as.integer(c(1,2,3)), plateWell=c("a","b","c"), screenPlateOrder=as.integer(c(1,2,3)), wellData=c("A","B","C"),stringsAsFactors=FALSE)

Answer 6

如果问题实际上与区分大小写有关，那么看起来有一个简单的修复方法，无需使用“preserve”选项更改任何函数，该选项出现在 Ari B. Friedman 指出的行中：“nochange=cnames”。因此，当您最初创建 RODBC 通道时，您可以简单地将其指定为 case 选项：

my_sql_channel <<- odbcConnect("myOdbc", case="nochange")