在基准测试期间多次运行 R 中的函数

Question

我正在尝试使用 system.time() 测量 R 中函数的计算时间。 我想运行该函数数百次以获得平均值，但我不想 复制并粘贴多次。有更简单的方法吗？

Answer 1

microbenchmark 包采用 ,times= 选项，并且具有更准确的额外好处。

> library(microbenchmark)
> m <- microbenchmark( seq(10)^2, (1:10)^2, times=10000)
> m
Unit: nanoseconds
       expr   min    lq median    uq     max
1  (1:10)^2  2567  3423   3423  4278   41918
2 seq(10)^2 44484 46195  46195 47051 1804147
> plot(m)

并使用 ggplot2 尚未发布的 autoplot() 方法：

autoplot(m)

Answer 2

system.time(replicate (  ... stuff ..) )

或者：（嘿，我并不为拥有与德克相同的答案而感到羞耻。）

require(rbenchmark)
benchmark( stuff... )   # Nice for comparative work

Answer 3

您想要使用 rbenchmark 包及其函数 benchmark() ，它的作用差不多一切都为了你。

这是其帮助页面中的第一个示例：

R> example(benchmark)

bnchmrR> # example 1
bnchmrR> # benchmark the allocation of one 10^6-element numeric vector, 
bnchmrR> # replicated 100 times
bnchmrR> benchmark(1:10^6)
    test replications elapsed relative user.self sys.self user.child sys.child
1 1:10^6          100   0.327        1      0.33        0          0         0

对于真正的表达式级基准测试，还有 microbenchmark 包。