make 循环在 R 中创建 igraph 对象列表

Question

我想创建一个 Igraph 对象列表，其中每个 Igraph 对象使用的数据由另一个变量确定。

这就是我创建单个 Igraph 对象的方法

netEdges <- NULL

for (idi in c("nom1", "nom2", "nom3")) {
        netEdge <- net[c("id", idi)]
        names(netEdge) <- c("id", "friendID")
        netEdge$weight <- 1
        netEdges <- rbind(netEdges, netEdge)
    }

g <- graph.data.frame(netEdges, directed=TRUE)

对于 net$community 的每个唯一值，我想创建一个新的 Igraph 对象。然后我想计算每个对象的中心性度量，然后将这些度量带回到我的 net 数据集中。非常感谢您的帮助！

Answer 1

由于您提供的代码不能完全重现，因此不能保证下面的代码能够运行。它旨在作为如何构建实际解决方案的指南。如果您提供其他人可以用来运行您的代码的示例数据，您将得到更好的答案。

最简单的方法可能是将 net 拆分为一个列表，其中每个元素对应于 community 的每个唯一值，然后将图形构建代码应用于每个部分，存储另一个列表中每件作品的结果。在 R 中，有多种方法可以完成此类操作，其中之一是使用 lapply：

#Break net into pieces based on unique values of community
netSplit <- split(net,net$community)

#Define a function to apply to each element of netSplit
myFun <- function(dataPiece){
    netEdges <- NULL

    for (idi in c("nom1", "nom2", "nom3")) {
        netEdge <- dataPiece[c("id", idi)]
        names(netEdge) <- c("id", "friendID")
        netEdge$weight <- 1
        netEdges <- rbind(netEdges, netEdge)
    }

    g <- graph.data.frame(netEdges, directed=TRUE)
    #This will return the graph itself; you could change the function
    # to return other values calculated on the graph
    g
}

#Apply your function to each subset (piece) of your data:
result <- lapply(netSplit,FUN = myFun)

如果一切顺利，result 应该是一个包含图形的列表 (或您修改 myFun 以返回的任何内容）对于 community 的每个唯一值。用于执行类似任务的其他流行工具包括 plyr 包中的 ddply。