在 R 中将 deltaMethod 与 nls 对象一起使用时出错

Question

我正在尝试使用 car 库中的 deltaMethod，但出现了一个奇怪的错误。

library(car)
x=c(1, 1, 1, 1, 2, 2, 2, 2, 3, 3, 3, 3, 4, 4, 4, 4, 5, 5, 5, 5, 6, 6, 6, 6, 7, 7, 7, 7, 8, 8, 8, 8, 9, 9, 9, 9, 10, 10, 10, 10, 11, 11, 11, 11)
y=c(-0.78636545259908996, -0.48499513735893701, -0.61035206318152102, -0.60156864486986295, -0.61323703005521701, -0.33091952573467498, -0.269895273193686, -0.32222378534205598, -0.53183084634683997, -0.96631869084439304, -0.77105781684519603, -0.524039870915605, -0.41181303531095498, -0.27581842299642001, -0.72085673574325404, -0.35874718580022702, -0.30752543764527501, -0.090745334342823197, -0.465889655296298, -0.20115970219526799, -0.0511742487116199, 0.0100170907454752, -0.176138595601495, 0.042138062483845398, 0.00081247733328697303, -0.0045220167465173499, 0.57326735553016905, 0.116862163616526, 0.0072264835163109399, 0.48714531471859701, 0.83738659120408598, 0.83740077959237003, 0.48762419789728001, 0.20072016467283199, 0.56916547038663201, 0.14651949468445999, 0.575517323481333, 0.72715907067082697, 0.99958886855260898, 0.36070109242748599, 0.49335611371191601, 0.27098248212991599, 1.28001727666798, 0.36192955257384501)
gdat=data.frame(x,y)
fit=nls(y~a+b*(exp(-exp(s*(x-m)))),data=gdat,start=list(a=-0.5,b=1,s=-0.6,m=5))
deltaMethod(fit,"m-s*log((1/0.05)-1)")

我得到的错误是： Error in eval(expr, envir, enclos) : object 'ParaParam43' not find

在尝试解决此问题时，我注意到了几件事：

• ParaParam 后面的数字根据参数而变化询问
• 它是否可以与 lm 对象一起使用，尽管我还没有尝试过
• 上面示例中的其他支持的对象，但 deltaMethod(fit,"m") 可以工作，但是没有一个其他参数也可以。这可能是因为 names(fit) 中只有 m。显然默认方法使用 names(fit) 而不是 coef(fit) （对于其他类型的对象），所以该方法是否无法识别< code>fit 作为 nls 对象？我需要告诉 deltaMethod 期望什么类型的对象吗？

我不久前将其与现已弃用的 alr3 delta.method 一起使用，没有出现任何问题，但现在它给出了相同的错误。

有人有什么想法吗？

我正在使用 R 版本 2.13 和 car 版本 2.0-10

谢谢

Answer 1

这是 deltaMethod.default 方法中的一个错误，应该向 R 开发团队报告。

该错误的原因在于代码中的以下几行：

for (i in seq(along = para.names)) {
    g <- gsub(para.names[i], std.names.ordered[i], g)
}

这种相当令人惊奇的替换方式使得所有名称带有 Param 中任何字母的参数都会导致代码返回不需要的内容。它应该做的是将 para.name（本例中为“s”）更改为“Paramx”。当它循环时，它将把“s”更改为“Param3”，然后将“Param3”更改为“ParaParam43”，因为它用“Param4”替换了“m”。

明显的解决方案是重命名您的参数：

library(car)
x=c(1, 1, 1, 1, 2, 2, 2, 2, 3, 3, 3, 3, 4, 4, 4, 4, 5, 5, 5, 5, 6, 6, 6, 6, 7, 7, 7, 7, 8, 8, 8, 8, 9, 9, 9, 9, 10, 10, 10, 10, 11, 11, 11, 11)
y=c(-0.78636545259908996, -0.48499513735893701, -0.61035206318152102, -0.60156864486986295, -0.61323703005521701, -0.33091952573467498, -0.269895273193686, -0.32222378534205598, -0.53183084634683997, -0.96631869084439304, -0.77105781684519603, -0.524039870915605, -0.41181303531095498, -0.27581842299642001, -0.72085673574325404, -0.35874718580022702, -0.30752543764527501, -0.090745334342823197, -0.465889655296298, -0.20115970219526799, -0.0511742487116199, 0.0100170907454752, -0.176138595601495, 0.042138062483845398, 0.00081247733328697303, -0.0045220167465173499, 0.57326735553016905, 0.116862163616526, 0.0072264835163109399, 0.48714531471859701, 0.83738659120408598, 0.83740077959237003, 0.48762419789728001, 0.20072016467283199, 0.56916547038663201, 0.14651949468445999, 0.575517323481333, 0.72715907067082697, 0.99958886855260898, 0.36070109242748599, 0.49335611371191601, 0.27098248212991599, 1.28001727666798, 0.36192955257384501)
gdat=data.frame(x,y)
fit=nls(y~d+b*(exp(-exp(s*(x-k)))),data=gdat,start=list(d=-0.5,b=1,s=-0.6,k=5))
deltaMethod(fit,"k-s*log((1/0.05)-1)")

运行没有错误。

Answer 2

哇，这是一个值得追踪的有趣错误...

如果您查看 deltaMethod.default，您会发现它使用 gsub 将参数名称更改为“Param1”之类的内容：

g <- gsub(para.names[i], std.names.ordered[i], g)

在循环中。由于您有一个名为“m”的参数，因此您会得到双重替换，因为“Param1”中有一个“m”！这解释了您收到的错误。将参数从“m”更改为“z”允许代码为我运行。

我建议联系软件包作者并提供此信息。