使用 SimpleXML 解释 BLAST XML 输出——连字符问题？嵌套对象访问语法问题？

Question

我正在尝试使用 SimpleXML 读取一些 NCBI BLAST XML 输出，并且我能够访问部分输出，但不能访问其中的其他部分。

这是 XML 的相关部分（为了可读性而删除了一些不相关的部分）：

    <?xml version="1.0"?> <!DOCTYPE BlastOutput PUBLIC "-//NCBI//NCBI BlastOutput/EN" "NCBI_BlastOutput.dtd"> 
<BlastOutput>
   <BlastOutput_program>blastn</BlastOutput_program>
   <BlastOutput_db>allconstructs.fasta</BlastOutput_db>
   <BlastOutput_iterations>
        <Iteration>
          <Iteration_iter-num>1</Iteration_iter-num>
          <Iteration_query-ID>Query_1</Iteration_query-ID>
          <Iteration_query-def>gene_1_query</Iteration_query-def>
          <Iteration_query-len>1005</Iteration_query-len>

这是我的代码（注意：$qdef 和 $qlen 的获取方式不同，以确保我在设置/使用 $output 时没有犯一些愚蠢的错误）变量）：

$blast = simplexml_load_string($xml);

$output = $xml->BlastOutput_iterations->Iteration;

$qprog = $blast->BlastOutput_program;
$qdef = $xml->BlastOutput_iterations->Iteration->{'Iteration_query-def'};
$qlen = $output->{'Iteration_query-len'};

echo "Query Program: ".$qprog."<br/>Query: ".$qdef."<br/>Query Length: " .$qlen;

这是输出：

Query Program: blastn
Query: 
Query Length:

如果我删除 Iteration_query-def 和 Iteration_query-len 周围的 {''}，它会将它们视为整数并返回零。

我做错了什么吗？除了 BlastOutput_program 位和其他两个变量之间的 {''} 内容之外，我无法弄清楚我正在做的任何事情。不过，如果我将 {''} 添加到 BlastOutput_program 中，它仍然可以正常工作并生成正确的输出。这是怎么回事？

更新：它使用 xpath 工作，如下所示：

$qlen = $blast->xpath('BlastOutput_iterations/Iteration/Iteration_query-def');

但我仍然很想知道这是否是唯一的方法，或者是否有一种方法可以像我上面所示的那样。

Answer 1

知道了。一位朋友指出这个网站，它展示了我在做什么错误：我需要指定可能具有多个条目的 XML 元素的索引。

例如

$firstHit = $xml->BlastOutput_iterations->Iteration[0]->Iteration_hits->Hit[0];