matlab中的分水岭算法

Question

任何人都知道如何在 matlab 中编写函数来分割细胞并计算平均值 使用分水岭算法的像元区域？ 任何帮助将不胜感激。谢谢你！

这是酵母细胞的图像

Answer 1

这是使用分水岭分割图像的一种方法。您还可以做更多的事情（例如，如果细胞尚未完成胞质分裂，则融合具有两个细胞核的细胞），但下面的步骤应该会给您一个初步的想法。

(1) 确定细胞背景阈值、细胞核阈值

%# read image
img = imread('https://i.sstatic.net/nFDkX.png');
%# normalize to 0...1
imgN = double(img-min(img(:)))/(max(img(:)-min(img(:))));
th1=graythresh(imgN);
th2 = graythresh(imgN(imgN>th1));

cellMsk = imgN>th1;
nucMsk = imgN>th2;

figure,imshow(cellMsk+nucMsk,[])

(2) 平滑原始图像（以避免过度分割）并将细胞核强加为最小值

[xx,yy]=ndgrid(-5:5,-5:5);
gf = exp((-xx.^2-yy.^2)/20);
filtImg = conv2(imgN,gf,'same');

figure,imshow(filtImg,[])

filtImgM = imimposemin(-filtImg,nucMsk);

(3) 分水岭、遮罩细胞并显示

ws = watershed(filtImgM);
ws(~cellMsk) = 0;

lblImg = bwlabel(ws);

figure,imshow(label2rgb(lblImg,'jet','k','shuffle'));

(4) 现在您可以使用 REGIONPROPS 在标记图像上提取所需的统计信息。

Answer 2

请参阅图像处理中的 watershed工具箱和关于细胞分割的这篇文章图像处理博客。