获取 BLAST 结果的前 10 个序列 Bio Python
我想获得 BLAST 结果的前 10 个序列（只是序列，没有比对或分数或 e 值等）。我正在输入一个包含 5 个 fasta 文件的文本文件。所以我的输出应该是每个 fasta 文件的前 10 个爆炸命中。因此我的输出文件将有 50 个序列。
我正在通过 Bio.SeqIO 读取每个输入 fasta 文件，将其写入 temp.faa，然后通过子进程将其传递到命令行 BLAST，因为
blastp -db nr -query temp.faa -out out.faa -evalue 0.001 -gapopen 11 -gapextend 1 -matrix BLOSUM62 -remote -outfmt 2
输出有许多其他信息。我现在应该解析这个输出还是有更好的方法。
谢谢
P.S XML 可能是一种方法，但我没有找到相关的 NCBIXML 解析器语法。
I want to get top 10 sequences of BLAST results (just the sequences, no alignment or score or e-value etc). I am inputting a text file containing 5 fasta file. So my output should be top 10 blast hits of each fasta file.. therefore my output file will have 50 sequences.
I am reading each of my input fasta file through Bio.SeqIO, writing it as temp.faa and then passing it to command line BLAST through subprocess as
blastp -db nr -query temp.faa -out out.faa -evalue 0.001 -gapopen 11 -gapextend 1 -matrix BLOSUM62 -remote -outfmt 2
the output has lots of other information. Should I parse this output now or there's a better way.
Thanks
P.S XML might be a way but I didn't find a relavant NCBIXML parser syntax.
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评论（1）
BioStar StackExchange 上的解决方案：
http: //biostar.stackexchange.com/questions/9880/getting-top-10-sequences-of-blast-results-bio-python
http://biostar.stackexchange.com/questions/9882/parsing-blast -输出-biopython-错误
Solutions on BioStar StackExchange:
http://biostar.stackexchange.com/questions/9880/getting-top-10-sequences-of-blast-results-bio-python
http://biostar.stackexchange.com/questions/9882/parsing-blast-output-biopython-error