Ruby IO::popen 和 crossbow
http://www.ruby-doc.org/core/classes/IO .html#M000880
希望使用此方法(我认为)
要从 ruby 内运行此命令行命令:
$CROSSBOW_HOME/cb_emr \
--name "Crossbow-Ecoli" \
--preprocess \
--input=s3n://bgs.crossbow-01/example/e_coli/small.manifest \
--output=s3n://bgs.crossbow-01/example/e_coli/output_small \
--reference=s3n://
上面是我在命令行中输入的内容以直接从控制台运行
所以我很确定我有IO 方法是正确的...但是我在将上面的代码翻译成输入时相当迷失
http://www.ruby-doc.org/core/classes/IO.html#M000880
Looking to use this method ( I think)
To run this commandline command, from within ruby:
$CROSSBOW_HOME/cb_emr \
--name "Crossbow-Ecoli" \
--preprocess \
--input=s3n://bgs.crossbow-01/example/e_coli/small.manifest \
--output=s3n://bgs.crossbow-01/example/e_coli/output_small \
--reference=s3n://
The above is what I enter in to the command line to run directly from console
So I'm pretty sure I've got the IO method correct... but I'm fairly lost on translating the above code into the input
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评论(1)
这应该可以解决问题:
我正在迭代输出的每一行,因为我猜测您可能想以某种方式处理它。
THis should do the trick:
I am iterating over each line of the output, because I'm guessing you may want to process it somehow.