R 使用带有 LD 功能的 Taply

Question

我正在尝试使用遗传学包中的 LD() 函数执行连锁不平衡计算。对于那些不知道的人，它的写法如下：

g1=genotype(a)
g2=genotype(b)
LD(g1,g2)

其中 a 和 b 是字符

鉴于此，我有一个包含 4 列和大量行的数据框，我试图找到其中 2 列的 LD 。假设 df$col3 和 df$col4 代表上面示例中的 a 和 b，我将如何执行计算？

我正在考虑使用 tapply，因为 for 循环将永远持续下去：

tapply(df$col3,df$col4,function)

问题是我无法找到一种方法来为它们所在的特定行设置以下内容：

g1=genotype(row "n", col3)
g2=genotype(row "m", col4)

我知道“行'n'”是不是实际有效的代码；我只是不知道还能如何描述它。

最后，我计划在设置 g1 和 g2 后运行 LD 计算

Answer 1

正如詹姆斯在评论中所说，您可能需要maply。我没有您的数据，但这应该可行：

mapply(
     function(a, b) LD(genotype(a), genotype(b)),
     a = df$col3,
     b = df$col4
)

我将其制作为社区维基，因为答案是基于评论，而不是我的评论。