读取多个 .gpx 文件

Question

假设我有许多 .gpx 文件（这些文件包含来自 Garmin eTrex 的 GPX 航路点数据）。我想用不同的名称将它们加载到 R 中并操作它们。

我可以这样读取一个文件：

library(maptools)
gpx.raw <- readGPS(i = "gpx", f = "file1_w_12_f_ddf.gpx", type="w")

假设我想将其中的多个文件读入内存。我可以尝试 for 循环：

files <- list.files(".",pattern = "*.gpx")
for(x in files){

    #Create new file name
    temp <- strsplit(x,"_",fixed=TRUE)
    visit.id <- sapply(temp,FUN=function(x){paste(x[1],x[4],substr(x[5],1,3),sep="_")})

    #read file with new filename
    assign(visit.id, readGPS(i = "gpx", f = x, type="w"))
}

运行上面的程序会产生以下错误：

read.table(con <- textConnection(gpsdata), fill = TRUE, ...) 中出现错误： 输入中没有可用的行 另外：警告消息： 运行命令 'C:\PROGRA~2\GPSBabel\gpsbabel.exe -w -i gpx -f file1_w_12_f_ddf.gpx -o tabsep -F -' 状态为 1

请注意，我能够自行读取此文件，因此它看起来它与文件本身无关，但与循环运行 readGPS 有关。

总的来说，我仍然发现R如何处理像上面的x这样的变量非常令人困惑。我不确定如何从独立实例修改 readGPS 的参数 f = "file1_w_12_f_ddf.gpx"：应该是 x 还是 f = x，或f = "x"，还是什么？或者问题可能出在对 GPSBabel 的调用中...

我在下面提供了一个示例文件，以便您可以将其复制到文本编辑器，并使用不同的名称另存为 .gpx. 两次，然后自己尝试。

<?xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>
<gpx
 version="1.0"
 creator="GPSBabel - http://www.gpsbabel.org"
 xmlns:xsi="http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance"
 xmlns="http://www.topografix.com/GPX/1/0"
 xsi:schemaLocation="http://www.topografix.com/GPX/1/0 http://www.topografix.com/GPX/1/0/gpx.xsd">
 <time>2010-09-14T18:35:43Z</time>
 <bounds minlat="18.149888897" minlon="-96.747799935" maxlat="50.982883293" maxlon="121.640266674"/>
<wpt lat="38.855549991" lon="-94.799016668">
<ele>325.049072</ele>
 <name>GARMIN</name>
 <cmt>GARMIN</cmt>
 <desc>GARMIN</desc>
 <sym>Flag</sym>
 </wpt>
 <wpt lat="50.982883293" lon="-1.463899976">
 <ele>35.934692</ele>
 <name>GRMEUR</name>
 <cmt>GRMEUR</cmt>
 <desc>GRMEUR</desc>
 <sym>Flag</sym>
 </wpt>
 <wpt lat="25.061783362" lon="121.640266674">
 <ele>38.097656</ele>
 <name>GRMTWN</name>
 <cmt>GRMTWN</cmt>
 <desc>GRMTWN</desc>
 <sym>Flag</sym>
 </wpt>
 </gpx>

注意：要运行 readGPS，您需要安装开源 GPSBabel 程序并在 PATH 变量中引用。

Answer 1

Fred，

安装 GPSBabel 并更新 PATH 变量后，您的代码片段运行良好。我有两个对象名称 test1.gpx_NA_NA 和 test2.gpx_NA_NA 以及 28 个变量的三个观察值。是这样吗？我假设文件名中的 NA 位是由于您定义 visit.id 的方式而导致的，而我的测试文件名不适合该范例。

您是否在 R 的新实例上尝试过此操作？

FWIW，我可能会将所有这些文件读入一个列表对象。我发现处理列表对象比处理大量不同的对象更容易。例如，

files <- dir(pattern = "\\.gpx")
#Replace all space characters with a "_". Replace with the character of your choice.
lapply(files, function(x) file.rename(from = x, to = gsub("\\s+", "_", x)))

#Reread in files with better names:
files <- dir(pattern = "\\.gpx")
out <- lapply(files, function(x) readGPS(i = "gpx", f = x, type = "w"))
names(out) <- files

out 现在是一个包含 2 的列表，其中每个对象都是一个 data.frame，其中包含之前与其关联的文件的名称。使用 *apply 系列中的东西还有一个好处，就是留下一个干净的工作空间。使用 for 循环会导致 x、temp 和 visit.id 挂起。您可以将它们包装到函数调用中，但我认为仅使用 lapply 会更直接。

Answer 2

事实证明代码没问题，问题出在文件名上。 GPSBabel 不喜欢带有空格的名称。所以“1_San José Baldi_Pernam_14_sep.gpx”是一个问题，“1_San_José_Baldi_Pernam_14_sep.gpx”不是。