每次出现字符串时查找、替换和递增

发布于 2024-11-15 02:14:44 字数 889 浏览 4 评论 0原文

我对脚本编写比较陌生，对于这个令人痛苦的简单问题提前表示歉意。我相信我已经搜索得相当彻底，但显然没有其他答案或食谱足够明确让我理解（例如此处 - 仍然无法得到它）。

我有一个由字母串（DNA，如果你关心的话）组成的文件，每行一个字符串。在每个字符串上方，我插入了另一行来标识底层字符串。对于那些生物信息学家，我正在尝试以 fasta 格式制作一个测试数据集，也许你有工具？不管怎样，我会在每个“>”后面放一个不同的词“num”目的是使用 bash 增量器和 sed 创建每个字符串标题的唯一数字。例如，在 data.txt 中，我有...

>数字，等等，等等，等等
ATCGACTGAATCGA
>数字，等等，等等，等等
ATCGATCGATCGATCG
>数字，等等，等等，等等
ATCGATCGATCGATCG

我希望它是...

>0，等等，等等，等等
ATCGACTGAATCGA
>1，废话，废话，废话
ATCGATCGATCGATCG
>2，废话，废话，废话
ATCGATCGATCGATCG

解决方案可以是任何语言，只要它是完整的 &&完成工作。我对 sed、awk、bash 和 c++ 有一点经验（有点==比没有经验略多）。我知道，我知道，我需要学习 perl，但我才刚刚开始。问题是：如何用每次替换时递增的数字替换“num”？底层字符串是否与其他地方的另一个字符串相同并不重要。提前感谢您的帮助！

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粉红×色少女 2024-11-22 02:14:44

perl -ple 's/num/$n++/e' filename

试运行第一，如果是这样做，你想要什么

perl -ple 's/num/$n++/e' filename

dry run 1st, if it is do that, what you want

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心是晴朗的。 2024-11-22 02:14:44

这使用了进程替换，该进程可能在您的系统上可用，也可能不可用。

jcomeau@intrepid:/tmp$ exec 3< <(cat test.txt)
jcomeau@intrepid:/tmp$ i=0
jcomeau@intrepid:/tmp$ while read -u 3 first_word the_rest; do
 if [ "$first_word" == ">num," ]; then
 echo ">$i," $the_rest; i=$((i + 1)); else
 echo $first_word $the_rest; fi; done
>0, blah, blah, blah

ATCGACTGAATCGA

>1, blah, blah, blah

ATCGATCGATCGATCG

>2, blah, blah, blah

ATCGATCGATCGATCG

This uses process substitution, which may or may not be available on your system.

jcomeau@intrepid:/tmp$ exec 3< <(cat test.txt)
jcomeau@intrepid:/tmp$ i=0
jcomeau@intrepid:/tmp$ while read -u 3 first_word the_rest; do
 if [ "$first_word" == ">num," ]; then
 echo ">$i," $the_rest; i=$((i + 1)); else
 echo $first_word $the_rest; fi; done
>0, blah, blah, blah

ATCGACTGAATCGA

>1, blah, blah, blah

ATCGATCGATCGATCG

>2, blah, blah, blah

ATCGATCGATCGATCG

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