如何从MeSH本体中提取同义词？

Question

在我这个级别的工作中，我需要从 MeSH 本体中提取类同义词。 我正在寻找 SPARQL 查询的正确语法：同义词如何存储在 MeSH 中？我怎样才能提取它们？

Answer 1

我不确定你所说的同义词是什么意思。但在查看了 MeSH 本体之后（从此处下载）。我运行以下查询来列出所有不同的谓词：

SELECT DISTINCT ?p where { ?s ?p ?o }

... 我得到 ...

<http://www.w3.org/2004/02/skos/core#historyNote>
<http://www.nlm.nih.gov/mesh/2006#considerAlso>
<http://www.nlm.nih.gov/mesh/2006#recordAuthorizer>
<http://www.nlm.nih.gov/mesh/2006#dateEstablished>
<http://www.nlm.nih.gov/mesh/2006#dateCreated>
<http://www.nlm.nih.gov/mesh/2006#onlineNote>
<http://www.nlm.nih.gov/mesh/2006#activeMeSHYear>
<http://www.nlm.nih.gov/mesh/2006#historyNote>
<http://www.w3.org/2004/02/skos/core#related> <<<---
<http://www.w3.org/2004/02/skos/core#broader> <<<---
<http://www.nlm.nih.gov/mesh/2006#recordMaintainer>
<http://www.w3.org/2004/02/skos/core#scopeNote>
<http://www.w3.org/2004/02/skos/core#altLabel>
<http://www.w3.org/2004/02/skos/core#prefLabel>
<http://www.nlm.nih.gov/mesh/2006#preferredCombination> <<<---
<http://www.nlm.nih.gov/mesh/2006#publicMeSHNote>
<http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#type>
<http://www.w3.org/2004/02/skos/core#annotation>
<http://www.w3.org/2004/02/skos/core#hiddenLabel>
<http://www.nlm.nih.gov/mesh/2006#recordOriginator>
<http://www.nlm.nih.gov/mesh/2006#runningHead>
<http://www.nlm.nih.gov/mesh/2006#dateRevised>

... <<<--- 的谓词让我假设之间存在某种排序关系资源。

例如，如果我们使用以下查询尝试 skos:lated：

PREFIX skos: <http://www.w3.org/2004/02/skos/core#>
PREFIX rdf:  <http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#>
PREFIX rdfs: <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#>

SELECT ?slabel ?olabel
WHERE {
  ?s skos:related ?o .
  ?s skos:prefLabel ?slabel .
  ?o skos:prefLabel ?olabel .
}

我们会得到类似...

"Anesthetics"   "Adjuvants, Anesthesia"
"Prostatic Neoplasms"   "Prostate-Specific Antigen"
"Elbow" "Tennis Elbow"
"Uterine Hemorrhage"    "Menorrhagia"
"Ecology"   "Environmental Health"
"Endocarditis, Bacterial"   "Aneurysm, Infected"
( .... and many more )

如果您使用以下查询尝试 skos:broader（省略前缀）。请注意，skos:broader 用于定义概念的层次结构，因此它与

SELECT ?slabel ?olabel
WHERE {
  ?s skos:broader ?o .
  ?s skos:prefLabel ?slabel .
  ?o skos:prefLabel ?olabel .
}

您得到的 skos:lated 具有不同的语义...

"Healthy People Programs"   "Health Promotion"
"Suggestion"    "Hypnosis"
"Sodium Iodide" "Iodides"
"Unnecessary Procedures"    "Health Services Misuse"
"Bornanes"  "Norbornanes"
"Prajmaline"    "Ajmaline"
"Vestibular Nerve"  "Vestibulocochlear Nerve"
"Adenolymphoma" "Neoplasms, Complex and Mixed"
"Child, Gifted" "Child, Exceptional"
"Tooth Germ"    "Tooth Components"
"Breast Self-Examination"   "Self-Examination"
( ... and many more)

底线，如果您不知道的话该模式运行一些探索性查询并尝试查看其中的内容。

编辑：OWL 文件的查询

@safé 我认为你是对的，你正在使用的 OWL 文件中的类之间不存在这种关系。

以下查询为您提供了所有 OWL 类：

SELECT DISTINCT ?p WHERE { ?s a <http://www.w3.org/2002/07/owl#Class> . }

... 而另一个查询给出了任何类中使用的所有谓词：

SELECT DISTINCT ?p WHERE { 
   ?s a <http://www.w3.org/2002/07/owl#Class> .
   ?s ?p ?o }

... 最后一个查询仅返回：

<http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#subClassOf>
<http://www.w3.org/1999/02/22-rdf-syntax-ns#type>

实际上在该 OWL 文件中您只有以下内容：

<http://org.snu.bike/MeSH#antimony_sodium_gluconate> rdf:type owl:Class .

和 ...

<http://org.snu.bike/MeSH#antimony_sodium_gluconate> rdfs:subClassOf <http://org.snu.bike/MeSH#gluconate>.

这意味着 OWL 文件中声明的唯一内容是类的层次结构，并且没有声明同义词。

如果你想以某种方式提取所有子类......

SELECT * WHERE { 
?subClass <http://www.w3.org/2000/01/rdf-schema#subClassOf> ?upperClass 
}