简单的循环编码问题

Question

我是 R 的新用户，我尝试编写一个脚本来模拟物种入侵和群落稳定性。我几乎已经完成了，并且循环中只有一个小问题。

我有一个包含 40 个物种的池（1,2，...），我通过连续的入侵创建了一个群落。群落中的物种离开入侵者池，除非它们灭绝（我设置了密度阈值）。

我想要大量的入侵（> 4000），所以我创建了一个包含 1 到 40 之间的 4000 个数字的向量（随机顺序），但我有一个问题，因为我的物种密度矩阵（init.x）的数字不同元素作为我的向量。

time<- list(start=0,end=4000,steps=100)
# Initial conditions (set all species to zero in the beginning)
init.x <- runif(n)*0
# generate random order in which species are introduced
init.order<- sample(1:n)
order<-rep(order,100)
random.order<-sample(order,size=length(order))
outt <- init.x
**for (i in 1:4000){
    # Introduce 1 new species (according to vector "random.order") with freq 1000*tol
                # if the species is not yet in the init.x matrix  
    if (init.x[random.order[i]]<tol) {init.x[random.order[i]] <- 1000*tol}**
                # integrate lvm model
    out <-n.integrate(time=time,init.x=init.x,model=lvm)
    # save out and attach it to outt
                  outt <- rbind(outt,out)
    # generate new time window to continue integration
                  time <- list(start=time$end, end = time$end+time$end-time$start,
                     steps=100)
}       

我知道这可能非常简单，但我找不到一种方法来编写我的循环，使其具有比物种数量（矩阵中的原始数量）更多的入侵。

多谢，

Answer 1

您可能想更改

# Initial conditions (set all species to zero in the beginning)
init.x <- runif(n)*0
# generate random order in which species are introduced
init.order<- sample(1:n)
order<-rep(order,100)
random.order<-sample(order,size=length(order))

为

# Initial conditions (set all species to zero in the beginning)
init.x <- rep.int(0, n) #should be a lot faster
# generate random order in which species are introduced
random.order<-sample.int(n,size=4000, replace=TRUE)

...来解决您的主要问题（检查？样本）。我还没有检查其余的代码，但可能还有更多优化的空间。

Answer 2

我不清楚你的问题是什么，以及它会进入什么outt。您可能需要使用 list() 来初始化它。

至于选择随机入侵者，你可以尝试：

init.x[sample(which(init.x<tol),1)] <- 1000*tol

这避免了 if 语句和预先计算的随机试验的需要（如果选择了群落物种，则可能无法产生入侵）。

Answer 3

time<- list(start=0,end=1000,steps=1000)
# Initial conditions (set all species to zero in the beginning)
init.x <- runif(n)*0
# generate random order in which species are introduced
order <- sample(1:n)
outt <- init.x
for (i in 1:n){
    # Introduce 1 new species (according to vector "order") with freq 1000*tol
    init.x[order[i]] <- 1000*tol
    # integrate lvm model
    out <-n.integrate(time=time,init.x=init.x,model=lvm)
    # save out and attach it to outt
        outt <- rbind(outt,out)
    # generate new time window to continue integration
        time <- list(start=time$end, end = time$end+time$end-time$start,
                     steps=1000)
}