R：在数据框中组合相同的标识符

Question

我有一个包含 2 列的数据框，一个标识符和一个包含名称的列。每个标识符在列 ID 中多次出现（见下文）。

 ID           Names
uc001aag.1  DKFZp686C24272
uc001aag.1  DQ786314
uc001aag.1  uc001aag.1
uc001aah.2  AK056232
uc001aah.2  FLJ00038
uc001aah.2  uc001aah.1
uc001aah.2  uc001aah.2
uc001aai.1  AY217347

现在我想创建一个像这样的数据框：

 ID           Names
uc001aag.1  DKFZp686C24272 | DQ786314 | uc001aag.1
uc001aah.2  AK056232 | FLJ00038 | uc001aah.1 | uc001aah.2
uc001aai.1  AY217347

有人可以帮助我吗？

Answer 1

Aggregate 是一种相当快的方法，但您可以使用 sapply 解决方案来并行化代码。这可以在 Windows 上使用 snowfall 轻松完成：

require(snowfall)
sfInit(parallel=TRUE,cpus=2)
sfExport("Data")

ID <- unique(Data$ID)
CombNames <- sfSapply(ID,function(i){
    paste(Data$Names[Data$ID==i],collapse=" | ")
})
data.frame(ID,CombNames)
sfStop()

并行版本将为您带来额外的加速，但单个 sapply 解决方案实际上比聚合解决方案慢。 Taply 速度稍快一些，但无法使用降雪进行并行化。在我的计算机上：

n <- 3000
m <- 3
Data <- data.frame( ID = rep(1:n,m),
                    Names=rep(LETTERS[1:m],each=n))
 # using snowfall for parallel sapply    
 system.time({
   ID <- unique(Data$ID)
   CombNames <- sfSapply(ID,function(i){
     paste(Data$Names[Data$ID==i],collapse=" | ")
   })
   data.frame(ID,CombNames)
 }) 
   user  system elapsed 
   0.02    0.00    0.33 

 # using tapply
 system.time({
   CombNames <- tapply(Data$Names,Data$ID,paste,collapse=" | ")
   data.frame(ID=names(CombNames),CombNames)
 })
   user  system elapsed 
   0.44    0.00    0.44 

 # using aggregate
 system.time(
   aggregate(Names ~ ID, data=Data, FUN=paste, collapse=" | ")
 )
   user  system elapsed 
   0.47    0.00    0.47 

 # using the normal sapply
 system.time({
   ID <- unique(Data$ID)
   CombNames <- sapply(ID,function(i){
     paste(Data$Names[Data$ID==i],collapse=" | ")
   })
   data.frame(ID,CombNames)
 })
   user  system elapsed 
   0.75    0.00    0.75 

---

注意：

根据记录，更好的 sapply-solution 是：

CombNames <- sapply(split(Data$Names,Data$ID),paste,collapse=" | ")
data.frame(ID=names(CombNames),CombNames)

相当于 tapply。但并行化实际上会更慢，因为您必须在 sfSapply 内移动更多数据。速度来自于将数据集复制到每个CPU。当你的数据集很大时，你必须记住这一点：你将付出更多的内存使用来提高速度。

Answer 2

您可以使用聚合：

R> aggregate(Names ~ ID, data=tmp, FUN=paste, collapse=" | ")
          ID                                         Names
1 uc001aag.1        DKFZp686C24272 | DQ786314 | uc001aag.1
2 uc001aah.2 AK056232 | FLJ00038 | uc001aah.1 | uc001aah.2
3 uc001aai.1                                      AY217347