将布局从 networkx 传输到 cytoscape

Question

我想使用 networkx 生成图形的布局。是否可以将此布局传输到 cytoscape 并在那里绘制？我试图简单地写一个图，

import networkx as nx
G = nx.Graph()
G.add_edge(0,1,weight=.1)
G.add_edge(2,1,weight=.2)
nx.write_gml(G,'g.gml')
nx.write_graphml(G,'g.xml')

但这些都没有在 cytoscape 中读取。我不确定如何以包含位置的格式传输图表。

Answer 1

您的 g.xml GraphML 文件看起来不错，并为我加载到 Cytoscape 中（我使用的是 Mac）。您是否安装了 graphmlreader 插件？

如果没有，请下载它并将其放入插件文件夹中，然后重新启动 Cytoscape 并尝试再次加载 g.xml 网络。

更新 以下是一些代码，用于将图形外观和定位添加到 networkx 图形中。它有点冗长，您可以根据需要省略一些属性：

import networkx as nx

G = nx.Graph()
G.add_edge(0, 1, weight=0.1, label='edge', graphics={
    'width': 1.0, 'fill': '"#0000ff"', 'type': '"line"', 'Line': [],
    'source_arrow': 0, 'target_arrow': 0})
nx.set_node_attributes(G, 'graphics', {
    0: {'x': -85.0, 'y': -97.0, 'w': 20.0, 'h': 20.0,
        'type': '"ellipse"', 'fill': '"#889999"', 'outline': '"#666666"',
        'outline_width': 1.0},
    1: {'x': -16.0, 'y': -1.0, 'w': 40.0, 'h': 40.0,
        'type': '"ellipse"', 'fill': '"#ff9999"', 'outline': '"#666666"',
        'outline_width': 1.0}
    })
nx.set_node_attributes(G, 'label', {0: "0", 1: "1"})
nx.write_gml(G, 'network.gml')

结果：

Answer 2

networkx 现在具有向 cytoscape JSON 格式写入/读取图形的功能：https://networkx.github.io/documentation/stable/_modules/networkx/readwrite/json_graph/cytoscape.html

Answer 3

只是补充一下

nx.__version__
'2.3'
nx.set_node_attributes(G,  {n: {'x': p[0], 'y': p[1]}}, 'graphics')

参数位置错误......