将距离矩阵转换并保存为特定格式

Question

我通过以下步骤得到了一个距离矩阵：

x <- read.table(textConnection('
     t0 t1 t2
 aaa  0  1  0
 bbb  1  0  1
 ccc  1  1  1
 ddd  1  1  0
 ' ), header=TRUE)

因此 x 是一个带有列和行标题的数据框

    t0 t1 t2
aaa  0  1  0
bbb  1  0  1
ccc  1  1  1
ddd  1  1  0

require(vegan)
d <- vegdist(x, method="jaccard")

距离矩阵 d 的获取方式如下：

          aaa       bbb       ccc
bbb 1.0000000                    
ccc 0.6666667 0.3333333          
ddd 0.5000000 0.6666667 0.3333333

通过输入 str(d)，我发现它不是普通表格也不是 csv 格式。

Class 'dist'  atomic [1:6] 1 0.667 0.5 0.333 0.667 ...
  ..- attr(*, "Size")= int 4
  ..- attr(*, "Labels")= chr [1:4] "aaa" "bbb" "ccc" "ddd"
  ..- attr(*, "Diag")= logi FALSE
  ..- attr(*, "Upper")= logi FALSE
  ..- attr(*, "method")= chr "jaccard"
  ..- attr(*, "call")= language vegdist(x = a, method = "jaccard")

我想将距离矩阵转换为带有新标题的 3 列，并将其保存为 csv 文件，如下所示：

c1  c2  distance
aaa bbb 1.000
aaa ccc 0.6666667
aaa ddd 0.5
bbb ccc 0.3333333
bbb ddd 0.6666667
ccc ddd 0.3333333

Answer 1

使用基本 R 函数这是完全可行的。首先，我们希望行的所有成对组合填充结果对象中的 c1 和 c2 列。最后一列 distance 是通过简单地将 "dist" 对象 d 转换为数值向量（它已经是一个向量，但具有不同的向量）来实现的。班级）。

第一步使用 combn(rownames(x), 2) 完成，第二步通过 as.numeric(d) 完成：

m <- data.frame(t(combn(rownames(x),2)), as.numeric(d))
names(m) <- c("c1", "c2", "distance")

给出：

> m
   c1  c2  distance
1 aaa bbb 1.0000000
2 aaa ccc 0.6666667
3 aaa ddd 0.5000000
4 bbb ccc 0.3333333
5 bbb ddd 0.6666667
6 ccc ddd 0.3333333

保存为 CSV 文件, write.csv(m, file = "filename.csv")。

Answer 2

你可以通过组合来自 reshape 包、upper.tri 等的melt来做到这一点：

> library(reshape)
> m <- as.matrix(d)
> m
          aaa       bbb       ccc       ddd
aaa 0.0000000 1.0000000 0.6666667 0.5000000
bbb 1.0000000 0.0000000 0.3333333 0.6666667
ccc 0.6666667 0.3333333 0.0000000 0.3333333
ddd 0.5000000 0.6666667 0.3333333 0.0000000
> m2 <- melt(m)[melt(upper.tri(m))$value,]
> names(m2) <- c("c1", "c2", "distance")
> m2
    c1  c2  distance
5  aaa bbb 1.0000000
9  aaa ccc 0.6666667
10 bbb ccc 0.3333333
13 aaa ddd 0.5000000
14 bbb ddd 0.6666667
15 ccc ddd 0.3333333