R vegdist(jaccard)：如何包含行名称进行聚类？

Question

可能的重复：
使用 Tanimoto/Jaccard 的 R 集群

输入

genename  treatment1 treatment2 treatment3
aaa       1          0          0
bbb       0          1          1
ccc       1          1          1
ddd       0          0          0

通过

d <- vegdist(mytable, method = "jaccard")

包 vegan.出现如下错误消息。

Error in rowSums(x, na.rm = TRUE) : 'x' must be numeric.

我输入 str(mytable)，我看到

'data.frame': xxx obs of xxx variables:
$ aaa : int 1 0 0
$ bbb : int 0 1 1
$ ccc : int 1 1 1
$ ddd : int 0 0 0 

由于需要gene.name 来解释结果，我想保留 aaa、bbb、ccc 和 ddd。

我也尝试通过以下命令删除第一列，但是，这些命令中的任何一个都可以解决问题

rownames(mytable) <- mytable[,1]
mytable <-mytable[,-1] 

您介意教我如何解决这个问题吗？

Answer 1

以下是我使用名为geneRx 的 dfrm 得到的结果：

> rownames(geneRx) <-geneRx[,1]
> geneRx <-geneRx[,-1] 
> geneRx
    treatment1 treatment2 treatment3
aaa          1          0          0
bbb          0          1          1
ccc          1          1          1
ddd          0          0          0
> d <- vegdist(geneRx, method = "jaccard")
Warning message:
In vegdist(geneRx, method = "jaccard") :
  you have empty rows: their dissimilarities may be meaningless in method jaccard
> d
          aaa       bbb       ccc
bbb 1.0000000                    
ccc 0.6666667 0.3333333          
ddd 1.0000000 1.0000000 1.0000000

这是一个警告，而不是错误，而且它似乎提供了合理的信息。如果你没有接受治疗，你就无法与其他病例进行比较。行名用作标签。那么问题是什么？