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将 Perl 生成的脚本提交到 SGE 时捕获作业 ID

发布于 2024-11-03 08:26:55 字数 109 浏览 1 评论 0原文

Perl 无法打开同时运行的命令管道，这会导致通过 qsub 提交到 SGE 时出现问题，因为我丢失了提交的作业 ID。如何将生成的脚本提交给 SGE 并捕获 SGE 为其分配的作业 ID？

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大姐，你呐 2024-11-10 08:26:55

这是 Perl 常见问题解答：如何打开与命令之间的管道？（简短回答：请参阅 IPC::Open2)

另一种方法是使用 shell 中的 I/O 重定向工具来捕获外部程序的输出：

open my $qsub_proc, '|-', "qsub $command $args > some/file";
print {$qsub_proc} $the_input_to_the_command;
close $qsub_proc;

open my $qsub_fh, '<', 'some/file';
my @qsub_output = <$qsub_fh>;
... # now parse @qsub_output to get your job id

This is a Perl FAQ: How can I open a pipe both to and from a command? (Short answer: see IPC::Open2)

Another approach is to use the I/O redirection facilities in your shell to capture the output of your external program:

open my $qsub_proc, '|-', "qsub $command $args > some/file";
print {$qsub_proc} $the_input_to_the_command;
close $qsub_proc;

open my $qsub_fh, '<', 'some/file';
my @qsub_output = <$qsub_fh>;
... # now parse @qsub_output to get your job id

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