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我从哪里开始使用 rJava？

发布于 2024-11-03 06:57:22 字数 365 浏览 4 评论 0原文

我不是 Java 程序员。我编程 R 和 C++。我有一些 java 代码想要包含在 R 包中。该程序的基础知识是：

从标准输入读取数据。
运行 MCMC 链。
输出到文件。

我想将其转换为 R，这样我就可以从 R 运行程序。我熟悉 Rcpp 包并习惯了它的一些便利。我从哪里开始使用 rJava 包来学习使用此代码。

具体来说我有以下问题。

如何将数据从 R 传输到 java，例如数值向量、因子等。
如何运行类的方法？
如何在包中包含 java 代码？

rJava 文档不是很有帮助。有人有这方面的教程吗？

原文

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和影子一齐双人舞 2024-11-10 06:57:22

有一种“简单”的方法可以做到这一点，也有一种稍微困难的方法可以做到这一点。我是一个简单的人，所以我倾向于简单的解决方案：

myCommand <- paste("/path/to/java", argument1, argument2, sep=" ")
system(shQuote(myCommand))

然后使用任何有意义的 R 函数读取输出文件。

稍微困难的解决方案是编辑 Java 代码，使其不从 stdin 读取，而是传递向量或其他 Java 对象。我无法真正概括如何更改 Java 代码，但如果 Java 函数最终需要输入向量，您会这样做：

.jinit()
v <- .jnew("java/util/Vector")
rVector <- as.character(1:10)
addToV <- function( item ){
  v$add( item )
}
sapply(rVector, addToV)

我总是发现处理 rJava 中的类型是相当痛苦的，正如你在上面看到的。

一个可以为您节省大量时间的技巧是：当您在 rJava 中创建了一个 Java 对象时，您可以通过键入名称、美元符号然后按 Tab 键来找出它的方法。因此，使用上面创建的 v 对象，输入“v$”，您应该得到以下结果：

1> v$
v$add(                 v$hashCode()           v$contains(            v$size()               v$elementAt(           v$capacity()           v$containsAll(         v$firstElement()       v$removeElement(       v$iterator()           v$wait()
v$get(                 v$clone()              v$isEmpty()            v$toArray()            v$remove(              v$ensureCapacity(      v$removeAll(           v$insertElementAt(     v$removeElementAt(     v$listIterator()       v$getClass()
v$equals(              v$indexOf(             v$lastIndexOf(         v$toArray(             v$elements()           v$trimToSize()         v$retainAll(           v$lastElement()        v$setElementAt(        v$listIterator(        v$notify()
v$toString()           v$clear()              v$addAll(              v$addElement(          v$set(                 v$subList(             v$copyInto(            v$removeAllElements()  v$setSize(             v$wait(                v$notifyAll()
1> v$

祝您好运，如果您遇到特定问题，请务必大喊大叫。

There's a "simple" way to do this and a somewhat harder way to do this. I'm a simple man so I lean toward the simple solution:

myCommand <- paste("/path/to/java", argument1, argument2, sep=" ")
system(shQuote(myCommand))

Then read in the output file using whatever R function makes sense.

The somewhat harder solution is to edit your Java code so it doesn't read from stdin, but gets passed a vector, or other Java object. I can't really generalize about how to alter your Java code, but if the Java function ultimately needs to be fed a vector, you'd do it something like this:

.jinit()
v <- .jnew("java/util/Vector")
rVector <- as.character(1:10)
addToV <- function( item ){
  v$add( item )
}
sapply(rVector, addToV)

I always find dealing with types in rJava to be a considerable pain, as you can see above.

One tip that will save you considerable time is this: When you have a Java object created in rJava you can figure out its methods by typing the name, a dollar sign, and then hit tab. So using the v object created above type "v$" and you should get this:

1> v$
v$add(                 v$hashCode()           v$contains(            v$size()               v$elementAt(           v$capacity()           v$containsAll(         v$firstElement()       v$removeElement(       v$iterator()           v$wait()
v$get(                 v$clone()              v$isEmpty()            v$toArray()            v$remove(              v$ensureCapacity(      v$removeAll(           v$insertElementAt(     v$removeElementAt(     v$listIterator()       v$getClass()
v$equals(              v$indexOf(             v$lastIndexOf(         v$toArray(             v$elements()           v$trimToSize()         v$retainAll(           v$lastElement()        v$setElementAt(        v$listIterator(        v$notify()
v$toString()           v$clear()              v$addAll(              v$addElement(          v$set(                 v$subList(             v$copyInto(            v$removeAllElements()  v$setSize(             v$wait(                v$notifyAll()
1> v$

Good luck, and be sure and yell if you have specific snags.

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