使用R解压gz文件

Question

我过去曾使用 ?unzip 使用 R 来获取压缩文件的内容。这一次，我很难从 .gz 文件中提取文件，该文件可以在 此处。

我已经尝试过 ?gzfile 和 ?gzcon 但无法让它工作。我们将非常感谢您提供的任何帮助。

Answer 1

这是一个有效的示例，可以帮助说明 gzfile() 和 gzcon() 的作用现在

foo <- data.frame(a=LETTERS[1:3], b=rnorm(3))
foo
#  a        b
#1 A 0.586882
#2 B 0.218608
#3 C 1.290776
write.table(foo, file="/tmp/foo.csv")
system("gzip /tmp/foo.csv")             # being very explicit

文件已写入，而不是隐式使用 file( )，使用gzfile()：

read.table(gzfile("/tmp/foo.csv.gz"))   
#  a        b
#1 A 0.586882
#2 B 0.218608
#3 C 1.290776

你指向的文件是一个压缩的tar存档，据我所知，R本身没有tar存档的接口。它们通常用于分发源代码——例如 R 包和 R 源代码。

Answer 2

要在 R 中取消压缩文件，您可以执行

library(R.utils)
gunzip("file.gz", remove=FALSE)

或

gunzip("file.gz")

但随后您会得到默认 (remove=TRUE) 行为，其中在完全创建并关闭输出文件后删除输入文件。

Answer 3

如果您确实想解压缩文件，只需使用支持 gzip 的 untar 函数即可。
例如：

untar('chadwick-0.5.3.tar.gz')

Answer 4

http:// /blog.revolutionanalytics.com/2009/12/r-tip-save-time-and-space-by-compressing-data-files.html

R为某些类型的压缩添加了透明解压缩最新版本（2.10）中的文件。如果您使用 bzip2、xvz 或 gzip 压缩文件，则可以将它们读入 R，就像它们是纯文本文件一样。您应该具有正确的文件扩展名。

命令...

myData <- read.table('myFile.gz')  

#gzip 压缩文件具有“gz”扩展名

将像“myFile.gz”是原始文本文件一样工作。

Answer 5

如果是逗号/制表符分隔的文件，则可以使用data.table的fread()。它可以处理压缩（.zip、.gz）文件：

fread('myFile.csv.gz')

Answer 6

library(vroom)
columns3 = c('A', 'B',...) ## define column names
Data1<- vroom(".../XXX.tsv",col_names = columns3)

与 tsv.gz 配合使用效果良好