ESet 的子集 /除以 ESet

Question

是否可以像这样对 ExpressionSet 进行子集化：

SUB=ESet[,ESet@phenoData@data$x==c(0,1)]

是 0-9 的值，我只想要 x=0 或 x=1 时的条目。

Answer 1

请尝试以下操作：

SUB=ESet[, ESet$x %in% c(0,1)]

乍一看，== 和 %in% 之间的区别似乎很细微。

x <- 0:9

x[x==c(0, 1)]
[1] 0 1

> x[x %in% c(0, 1)]
[1] 0 1

但是 %in% 永远不会返回 NA，这可能很有用，甚至是必需的，具体取决于您想要做什么。在下面构造的示例中，== 返回 NA，而 %in% 返回预期结果：

x <- c(NA, 0:9)

x[x==c(0, 1)]
[1] NA

x[x %in% c(0, 1)]
[1] 0 1

但差异远不止于此。从 ?== 的帮助文件中可以明显看出，在不等长度的向量之间进行二进制比较时，较短向量的元素会根据需要进行回收。

尝试以下示例：

x <- 0:9
x[x==c(1, 2)]
integer(0)

这会产生一个空向量。如果您回收向量 c(1, 2)，很快就会明白原因：

x:       0 1 2 3 4 5 6 7 8 9
c(1, 2): 1 2 1 2 1 2 1 2 1 2
'==':    F F F F F F F F F F