使用ggplot2在R中保存pdf文件时出现问题

Question

我遇到了一个奇怪的问题。我可以使用 R/ggplot2 创建和保存 pdf 文件，并在 R 控制台运行时查看它们。一旦我退出 R 控制台，Mac OS X 上的预览将不再显示 PDF。我已经能够保存 .png 文件而没有问题，但由于我无法控制的原因，我需要保存为 pdf 文件。我用来保存的代码如下：

  pdfFile <-c("/Users/adam/mock/dir/structure.pdf")
  pdf(pdfFile)
  ggplot(y=count,data=allCombined, aes(x=sequenceName, fill=factor(subClass))) + geom_bar()
  ggsave(pdfFile)  

有没有人遇到过类似的问题？如果是这样，我需要做什么来修复它？ 非常感谢您抽出时间。

Answer 1

问题是您没有使用 dev.off() 关闭 pdf() 设备，

dat <- data.frame(A = 1:10, B = runif(10))
require(ggplot2)

pdf("ggplot1.pdf")
ggplot(dat, aes(x = A, y = B)) + geom_point()
dev.off()

这可以工作，如下所示：

ggplot(dat, aes(x = A, y = B)) + geom_point()
ggsave("ggplot1.pdf")

但不要混合两者。

Answer 2

在 R FAQ 中，您需要在调用 ggplot() 时使用 print() ——并且需要使用 dev 关闭绘图设备。 off() 以及，即尝试

pdfFile <-c("/Users/adam/mock/dir/structure.pdf")
pdf(pdfFile)
ggplot(y=count,data=allCombined,aes(x=sequenceName,fill=factor(subClass)))
      + geom_bar()
dev.off()

编辑：我对 dev.off() 的看法是对的，显然是 print()< /code> 不是必需的。加文的回答还有更多。

Answer 3

下面的图

pdf("test.pdf")  
p <- qplot(hp, mpg, data=mtcars, color=am,   
         xlab="Horsepower", ylab="Miles per Gallon", geom="point")   
p  
dev.off()

在控制台中有效，但在函数中或当您从文件中获取它时则无效。

myfunc <- function() {  
  p <- qplot(hp, mpg, data=mtcars, color=am,   
           xlab="Horsepower", ylab="Miles per Gallon", geom="point")  
  p 
}  
pdf("test.pdf")  
myfunc()  
dev.off()  

使用的修复它的方法

print(p) 

将产生一个损坏的 pdf 文件以及我们在函数中

。在控制台中。 “p”会自动打印，但不会在函数中或在您获取文件时打印。

Answer 4

如果您想将其命名为“ggplot1”或您选择的任何简洁对象名称之外的名称，您还可以在 ggsave 中更改 pdf 图的文件名；只需先给出文件名，然后告诉它您所指的是哪个图，例如：

a <- ggplot(dat, aes(x = A, y = B)) + geom_point()
ggsave("Structure.pdf",plot=a)