Limma包-对比矩阵差异表达
我正在使用 limma 来分析差异基因表达。 对于建模，您需要设计和对比矩阵。我只是想知道是否有人有这方面的经验。
假设表达来自野生型（WT）和突变体（M），并且这些表达要么受到刺激（S），要么不受刺激（you）。对于野生型，我有 40 个表达值，对于突变体，有 20 个。
因此，当我想知道突变体与野生型相比哪些基因的反应不同时，我应该使用哪个公式作为对比矩阵：
Diff=(M.S-M.U)-(WT.S-M.U) or Diff=(M.S/20-M.U/20)-(WT.S/40-WT.U/40)
I am using limma to analyse differential gene expressions.
For modeling you need a design and contrast matrix. I just want to know whether anyone has experience with it.
Suppose that expressions are from wild type (WT) and mutants (M) and these are either stimulated (S) or unstimulated (you). For wild type I have 40 expressions values and for mutant 20.
So when I want to know which genes respond differently in mutant compared to wild type, Which formula should I use for the contrast Matrix:
Diff=(M.S-M.U)-(WT.S-M.U) or Diff=(M.S/20-M.U/20)-(WT.S/40-WT.U/40)
如果你对这篇内容有疑问，欢迎到本站社区发帖提问 参与讨论，获取更多帮助，或者扫码二维码加入 Web 技术交流群。
绑定邮箱获取回复消息
由于您还没有绑定你的真实邮箱，如果其他用户或者作者回复了您的评论，将不能在第一时间通知您！
发布评论
评论（1）
确定突变体与野生型中反应不同的基因的对比可以是：
其中M指的是受刺激的和未受刺激的突变细胞。然而，我怀疑，您可能想要类似的东西：
这将突出显示 WT 和任一突变细胞之间的变化。
A contrast to determine genes that respond differently in mutant compared to wild type could be:
where
Mrefers to both the stimulated and unstimulated mutant cells. However, I suspect, you may want something like:which would highlight changes in the between the WT and either mutant cell.