表达式集子集化

Question

我有一个 ExpressionSet 对象，我想对其进行子集化。例如，

> str(ESet)
Formal class 'ExpressionSet' [package "Biobase"] ..
  ..@ assayData        :..         
  ..@ phenoData        :
  .. .. .. ..$ STATUS  : num [1:210] 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 ...
  ....

我想提取 STATUS==0 的子集。我已经尝试过：

exprs(ESet@phenoData$STATUS==0)

但它不起作用。

Answer 1

你快到了。猜测你的数据结构，我认为以下应该有效：

exprs(ESet)[ESet@phenoData$STATUS==0,]

如果你看看这篇论文，有很多根据应变和时间对数据进行子设置的示例。我应该承认我是这篇论文的作者。