R:如何将Web数据库中的搜索结果提取到R data.frame?
(1) 我有一份蛋白质名称列表。
(2) 我想在网络数据库中搜索这些蛋白质的生物学功能。
(3)我知道蛋白质的名称是否在数据库中,可以找到“位置”和“生物活性”等信息。
(4) 我可以自动将这些信息提取到 R 的 data.frame 中吗?
(5) 如果我无法使用 R 来完成此操作,自动执行此操作的最佳方法是什么?
非常感谢,
凯瑟琳
(1) I have a list of protein' names.
(2) I want to search a web database for the biological function of these proteins.
(3) I know if the protein's name is in the database, the information such as "location" and "bioactivity" can be found.
(4) Can I do it auotomatically to extract those information to R's data.frame?
(5) If I cannot do it with R, what is the best way to do this automatically?
Many thanks,
Catherine
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评论(1)
RCurl 是您想要的包,因为它可以用于抓取网络。下载它,安装它,require()它并阅读手册,你应该能够做你想做的事。
免责声明:我自己没有使用过该软件包,但它是 R-help 上许多网页抓取问题的答案。
RCurl is the package you want, as it can be used to scrape the web. Download it, install it, require() it and read the manual and you should be able to do what you want.
Disclaimer: I have not used the package myself, but its the answer to many webscraping questions on R-help.