R 或 MATLAB - 匹配列名称以修改矩阵中的相应单元格

Question

我想将下面矩阵中以 NODE 作为标题的列转换为其相应的基因，如下所示：

   NODE Gene1 Gene2 Gene3 Gene4 Gene5 NODE1 NODE2 NODE3
1 NODE1  0.98  0.98    NA    NA    NA    NA    NA    NA
2 NODE2    NA    NA   0.8   0.8    NA    NA    NA    NA
3 NODE3    NA    NA    NA    NA  0.72  0.72    NA    NA
4 NODE4    NA    NA    NA    NA    NA    NA   0.6   0.6

因为

NODE1 = Gene1 and Gene2
NODE2 = Gene3 and Gene4
NODE3 = Gene5 and NODE1 = Gene5 and Gene 1 and Gene2

我想将 NODE1 NODE2 和 NODE3 列中的单元格移动到其相应的基因列以输出如下文件：

   NODE Gene1 Gene2 Gene3 Gene4 Gene5 
1 NODE1  0.98  0.98    NA    NA    NA    
2 NODE2    NA    NA   0.8   0.8    NA    
3 NODE3  0.72  0.72    NA    NA  0.72    
4 NODE4  0.6   0.6     NA   0.6  0.6  

是否有这样做的方法？我可以使用 R 或 MATLAB 来执行此操作吗？

最好的问候，

凯瑟琳

Answer 1

在 Matlab 中，您可以这样做：

    clear all
    nrgenes=5;
    nrnodes=4;
    matrix=zeros(nrnodes,nrgenes+nrnodes);
    matrix(1,1:2)=0.98;
    matrix(2,3:4)=0.8;
    matrix(3,5:6)=0.72;
    matrix(4,7:8)=0.6;

    for i=1:nrnodes
        for j=nrgenes+1:nrgenes+nrnodes
            if (matrix(i,j)~=0)
                matrix(i,1:nrgenes)=matrix(i,1:nrgenes)+matrix(i,j)*logical(matrix(j-nrgenes,1:nrgenes));
            end
        end
    end
    result=matrix(1:nrnodes,1:nrgenes);

一些注意事项：

• 您可能需要运行两次才能根据条目的配置来展开所有条目，但我认为您已经从代码中了解了如何执行此操作。< /p>

• 示例结果的 Node4 行存在轻微错误。

• 这是用两个嵌套的 for 循环编码的。对于大型矩阵来说缓慢且低效，但更容易理解。您可能必须对大型矩阵进行矢量化以缩短执行时间。