在 python 模块中打包支持 R 代码？

Question

我正在尝试使用 rpy2 打包一些调用 R 代码的 Python 代码。该 R 代码当前位于一个单独的文件中，我从 Python 脚本中获取该文件。例如，如果 python 脚本是 myscript.py，那么 R 代码存储在 myscript_support.R 中，并且我在 myscript 中有如下内容。 py：

from rpy2.robjects import *

# Load the R code
r.source(os.path.join(os.path.dirname(__file__), "myscript_support.R"))

# Call the R function
r[["myscript_R_function"]]()

我现在想使用setuptools打包这个Python脚本，我有几个问题：

1. 我应该如何打包R支持代码，一旦我这样做了，我如何找到到的路径R 文件以便我可以获取它？

2. R 代码依赖于多个R 包。我如何确保这些已安装？如果无法加载这些 R 包，我是否应该引发一个信息性错误？

Answer 1

这个问题可能已经过时了，但我今天遇到了同样的问题，想为@ivan_pozdeev 建议的问题 1 解决方案提供更多详细信息，并为问题 2 提供新的解决方案。

1) 将 setup.py 文件编辑为：

from setuptools import setup, find_packages

setup(
    ...
    # If any package contains *.r files, include them:
    package_data={'': ['*.r', '*.R']},
    include_package_data=True)
    )

2) Conda正在迅速成为处理 python 和 R 之间的包依赖关系的好选择。您可以创建一个环境 ( http://conda.pydata.org/docs/using/envs），下载您可能需要的所有 r 和 python 软件包，然后生成一个environment.yml 文件，以便任何人都可以复制您的环境。查看此博客了解更多信息：https://www.continuum.io/content/conda -数据科学

Answer 2

好吧，想象一下你自己是 setuptools 打包者，并想想你希望程序员做什么。

• setuptools 对 R、其文件结构或您的代码以某种方式使用它们一无所知。
• 您的 R 解释器对从 Python .egg 导入文件一无所知

对于第一个问题，您有两个选择：

1. 告诉 setuptools 仅包含一些附加文件，而不关心它们是什么
2. 教授 setuptools 有关 R 的知识，如何确定程序使用哪些 R 文件以及如何跟踪和包含它们的依赖项

第一个选项可以通过将 include_package_data = True 传递给 setup() 并提供要包含在 package_data 中的文件掩码来实现>（setuptools 文档，“包括数据文件”部分）。可以使用相对于包目录的路径。这些文件将在运行时通过“资源管理 API”（“在运行时访问数据文件”部分）。

第二个选项要求您在调用 setup() 之前将代码添加到 setuptools。例如，您可以添加文件查找器 将相关的 .R 文件添加到 find_packages() 的结果中。或者只是通过任意方式生成上一段的文件列表。

对于第二个问题，最简单的方法是通过指定 zip_safe = False。
您可以使用 eager_resources 选项来按需提取一组资源 (“自动资源提取”部分）。

至于安装第三方 R 软件包，R 安装和管理 - 安装软件包

Answer 3

我应该如何打包 R 支持
代码，一旦我这样做了，该怎么做
我找到了 R 文件的路径，这样我就可以
来源吗？

对于要安装的源文件，您需要在package_data中以某种方式指定它们。您可以像现在一样找到他们的路径。

R代码依赖于几个R
包。我怎样才能确保这些
已安装？我应该提出一个
如果这些 R 包出现信息性错误
无法加载？

要么让 setup.py 检查它们是否存在（类似于“configtools 方法”），要么在无法加载它们时引发某种异常。或者也许两者都做，然后如果由于某种原因您依赖的文件消失了，至少您会知道。