如何使用ggplot2在y轴上绘制多个变量？

Question

我有一个包含这样的数据的文本文件：

   A             C             G    class     phylum       order
-0.000187   -0.219166   1.693306 Chordata   Monotremata   Mammalia  
0.015664    -0.264506   1.482692 Chordata   Batidoidimorpha   Chondrichthyes    
-0.404323   0.219374    2.230190 Platyhelminthes   Cyclophyllidea   Cestoda 

但当然它有很多行。我想以这样一种方式绘制这些数据，即所有类都绘制在 x 轴上，每个类都有 A、C 和 G 值绘制为 geom_point，并且这些点使用具有特定值的线连接颜色取决于 A、C 或 G。 我设法通过使用plot和par函数来做到这一点，但现在我想使用ggplot库来做到这一点。

Answer 1

您的问题的具体情况有点不清楚，但使用 ggplot 图形在一个图中绘制多个变量的一般方法是 melt() data.frame () 首先。我没有遵循点和线应该如何适合您的图表，但这里有一种使用 colour 参数来绘制列 A、的方法C 和 G 按 x 轴上的 class：

library(ggplot2)
library(reshape2)

df <- data.frame(a = rnorm(10), c = rnorm(10), g = rnorm(10), class = sample(letters[20:23], 10, TRUE))
df.m <- melt(df)
ggplot(df.m, aes(class, value, colour = variable)) +
  geom_point()

Answer 2

我有一个类似的问题，我想绘制。

答案是，你需要一个NEW列，可以将其设置为群组交互。在这里，我创建了一个名为 V1 的列，它指定每个字母也属于哪个字母，然后使用 aes(group=interaction(variable.factor, new.factor)。在本示例中，该列“V1”是任意

  class variable       value V1
1      u        a  0.77041380  a
2      v        a  0.09461429  a
3      t        a  0.22704242  a
4      w        a -0.21501380  a
5      w        a -0.48246983  a
6      v        a  1.69609897  a
7      w        a -0.38847860  a
8      t        a  2.45669883  a
9      t        a  0.24774451  a
10     u        a  0.04195110  a
11     u        c  0.57444553  c
12     v        c  0.73172047  c
13     t        c -1.59409421  c
14     w        c -0.12679464  c
15     w        c  0.19424856  c
16     v        c -1.28742724  c
17     w        c -1.12103626  c
18     t        c -0.57090558  c
19     t        c  0.53798077  c
20     u        c -0.47777022  c
21     u        g -0.91249913  g
22     v        g -1.49256508  g
23     t        g -1.77449710  g
24     w        g  0.71426647  g
25     w        g  0.79678361  g
26     v        g -1.28814106  g
27     w        g -1.04701972  g
28     t        g  0.07309817  g
29     t        g  2.03606615  g
30     u        g  1.76030312  g

修改上面的 ggplot 代码：

ggplot(df.m, aes(class, value, colour = variable, group = interaction(V1, variable))) +
  geom_point()+
  geom_line()

这会产生一条连接每个类别的每个字母的线（来自上面的答案）（抱歉，低代表，请点击链接）

按线连接的字母

如果要分隔线，请使用 position=position_dodge()< /code>

ggplot(df.m, aes(class, value, colour = variable, group = interaction(V1, variable))) +
  geom_point(position = position_dodge(width = 0.2))+
  geom_line(position = position_dodge(width = 0.2))

字母通过带有抖动的线路连接

这里的要点是你需要一个因素group=interaction() 与 x 轴分开并跨越 x 轴。