使用 dismo 包创建生物气候变量时出现问题

Question

我想获得未来场景的所有生物气候变量，用于物种分布建模。因此，我使用 worldclim 数据库中的三个变量运行“dismo”包中的“biovars”函数，得到了 12 层的 RasterBrick：

prec<-stack(paste(getwd(),"/prec_2080/wc_2_5m_HADCM3_B2a_2080_prec_",1:12,".bil",sep=""))
tmin<-stack(paste(getwd(),"/tmin_2080/wc_2_5m_HADCM3_B2a_2080_tmin_",1:12,".bil",sep=""))
tmax<-stack(paste(getwd(),"/tmax_2080/wc_2_5m_HADCM3_B2a_2080_tmax_",1:12,".bil",sep=""))
x<-biovars(prec=prec,tmin=tmin,tmax=tmax)
 x
class       : RasterBrick 
dimensions  : 3600, 8640, 12  (nrow, ncol, nlayers)
resolution  : 0.04166667, 0.04166667  (x, y)
extent      : -180, 180, -60, 90  (xmin, xmax, ymin, ymax)
projection  : NA 
values      : C:/DOCUME~1/Marco/LOCALS~1/TMP/R_raster_tmp/raster_tmp_8984740455.grd 
min values  :     42 -65458  -1017      0     71      0 -65439     22     23     56 ... 
max values  :  65456    213      1  34159  65534  65513  65534  65507  65503  65518 ... 

但是，我认为应该有 19 个 bioclim 变量。正如您提到的，除了那里之外，生物变量中还有更多参数，但我不知道它们是什么。你能帮我一下吗？

另一个问题是我在写入这些变量时出错：

writeRaster(x,paste(getwd(),"/wc_2_5m_HADCM3_B2a_2080_1.grd",sep=""))

dim(res) <- c(ncols, raster@data@nlayers * nrows) 中的错误： dims [产品 933120] 与对象的长度 [889920] 不匹配

，当我尝试逐段写入它们时，出现以下错误：

for (i in 10:12) {
writeRaster(x[[i]],paste(getwd(),"/wc_2_5m_HADCM3_B2a_2080_",i,".grd",sep=""),overwrite=TRUE)
}

结果错误[, i] <- readBin(raster@file@con, What = dtype, n = ncols, : 替换长度为零

三个输入变量具有相同的维度，例如：

prec
class       : RasterStack 
dimensions  : 3600, 8640, 12  (nrow, ncol, nlayers)
resolution  : 0.04166667, 0.04166667  (x, y)
extent      : -180, 180, -60, 90  (xmin, xmax, ymin, ymax)
projection  : NA 
min values  : 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 ... 
max values  : 65535 65535 65535 65535 65535 65535 65535 65535 65535 65535 ... 

有人能解释为什么吗？先谢谢啦~

Answer 1

这确实是一个错误。它已在 0.5-19 版本中修复，应该会在 24 小时内从 R-Forge 提供，并很快从 CRAN 提供。相对湿度

Answer 2

我过去也发现过这个函数有同样的问题，所以现在我看得更深入一些。 Biovars 的帮助页面指出它将接受三个参数，即向量、矩阵或 rasterStack/Bricks。对于这三种情况，参数的长度、宽度或深度应分别为 12 个月，返回值的长度、宽度或深度将为 19。3

个向量参数的帮助页面示例返回一个包含 19 个值的向量。这很好用。

tmin.V <- c(10,12,14,16,18,20,22,21,19,17,15,12)
tmax.V <- tmin.V + 5
prec.V <- c(0,2,10,30,80,160,80,20,40,60,20,0)
biovars(prec.V, tmin.V, tmax.V)

具有三个 2x12 矩阵的示例返回一个 2x19 矩阵，也可以正常工作。

tmin.M <- rbind(tmin.V, tmin.V+1)
tmax.M <- rbind(tmax.V, tmax.V+1)
prec.M <- rbind(prec.V, prec.V+1)
biovars(prec.M, tmin.M, tmax.M)

但对于 rasterstacks 和 rasterbricks，你得不到 19 个值。我相信这是一个错误。我对来自 worldclim.org 的真实 *.bil 数据运行了 biovars 并复制了 12 值答案的结果。我尝试使用下面的虚拟代码，该代码返回错误（不清楚原因），但如果您想向 R. Hijmans 详细解释您的问题，这可能会很有用。当我使用已裁剪的 worldclim *.bil 数据调用 biovars 时，我也会遇到相同的错误。

dup12 <- function(clim.M) {
  raslist = list()
  for(i in 1:12) raslist = c(raslist, raster(clim.M))
  do.call(stack, raslist)
}
tmin.S <- dup12(tmin.M)
tmax.S <- dup12(tmax.M)
prec.S <- dup12(prec.M)
biovars(prec.S, tmin.S, tmax.S)

Error in v[tr$row[i]:(tr$row[i] + tr$nrows[i] - 1), ] <- p : 
  number of items to replace is not a multiple of replacement length