R 包中的 rJava 类路径...适用于某些系统...不适用于其他系统

Question

我为 R 构建了一个包，将 R 包装在一些 Java 类周围。在我的开发笔记本电脑（Ubuntu）上，这个包加载正确并且运行良好。在另外两台机器（一台 Ubuntu，一台 Debian）上，我尝试使用此包，但 .jpackage() 调用未设置类路径。

所有三台机器都运行 R 2.12.1 和 rJava .8-8，我认为这是最新的。

整个包位于 Google 代码，但以下是zzz.R 文件，用于在一台机器上设置类路径，但不能在其他机器上设置类路径：

##' @import rJava
.onLoad <- function(lib, pkg) {
    pathToSdk <- paste(system.file(package = "GSRadR") , "/gsrad_sample/lib/", sep="")

    jarPaths <- c(paste(pathToSdk, "clima_core-1.0.0.jar", sep=""),
                  paste(pathToSdk, "clima_GSRAD-1.0.0.jar", sep=""),
                  paste(pathToSdk, "colt-1.0.jar", sep=""),
                  paste(pathToSdk, "commons-lang-2.0.jar", sep=""),
                  paste(pathToSdk, "junit-3.8.1.jar", sep=""),
                  paste(pathToSdk, "log4j-1.2.8.jar", sep=""),
                  paste(pathToSdk, "xqore.jar", sep="")
                  )    
    .jpackage(pkg, morePaths=jarPaths)
    attach( javaImport( c("java.lang", "java.io")))
    packageStartupMessage( paste( "GSRadR loaded. The classpath is: ", paste(.jclassPath(), collapse=" " ) ) )        
}

在我的笔记本电脑上，它返回以下内容：

> require(GSRadR)
Loading required package: GSRadR
Loading required package: rJava
GSRadR loaded. The classpath is:  /home/jal/R/library/rJava/java /home/jal/R/library/GSRadR/gsrad_sample/lib/clima_core-1.0.0.jar /home/jal/R/library/GSRadR/gsrad_sample/lib/clima_GSRAD-1.0.0.jar /home/jal/R/library/GSRadR/gsrad_sample/lib/colt-1.0.jar /home/jal/R/library/GSRadR/gsrad_sample/lib/commons-lang-2.0.jar /home/jal/R/library/GSRadR/gsrad_sample/lib/junit-3.8.1.jar /home/jal/R/library/GSRadR/gsrad_sample/lib/log4j-1.2.8.jar /home/jal/R/library/GSRadR/gsrad_sample/lib/xqore.jar

但在我的其他机器上，它仅返回：

> require(GSRadR)
Loading required package: GSRadR
Loading required package: rJava
GSRadR loaded. The classpath is:  /usr/lib/R/site-library/rJava/java

有关可能导致 .jpackage() 调用以不同方式工作的原因的任何提示在不同的机器上？我之前使用 rJava 构建过包，并为 .onLoad() 函数使用相同的模板，没有出现任何问题。

编辑

因此，在其中一台无法正常工作的机器上，我尝试简单地以“非包”方式向类路径添加路径。结果失败了：

> .jaddClassPath("/home/jal/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/2.12/GSRadR/gsrad_sample/lib/clima_core-1.0.0.jar")
> .jclassPath()
[1] "/usr/lib/R/site-library/rJava/java"

嗯...所以我无法在类路径中添加任何内容。但为什么？

编辑 II

当我将自定义库加载到一台无法工作的机器上时，我使用了临时库位置，如下所示：

install.packages("/tmp/GSRadR_0.01.tar.gz", lib=/my/path)

然后像这样加载库：

require(GARadR, lib=/my/path)

通过反复试验，我发现如果删除 lib= 位，它就会正常工作。那么，为什么将使用 rJava 的 R 包加载到自定义库位置会使 .jaddClassPath() 函数无法工作呢？

我也许可以解决这个问题，但我很想知道是什么导致了这种奇怪的（至少对我来说）行为。

Answer 1

我怀疑第一次编辑中的目录或文件不存在：/home/jal/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/2.12/GSRadR/gsrad_sample/lib/clima_core-1.0.0。罐子。 （另外，您确定要添加该特定文件或目录吗？）

尝试 file.info("/home/jal/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/2.12/GSRadR/ gsrad_sample/lib/clima_core-1.0.0.jar")。

就我而言，我尝试了 .jaddClassPath("/willy/wonka") 但它不起作用。但是当我尝试 .jaddClassPath("/home/voldemort") 时，它起作用了。 （让 Java 成为你的魂器。）