Biopython CodonTable 错误？
我正在编写一些代码，旨在将不明确的 DNA 代码翻译成可能的氨基酸，并且我在 Biopython 1.56 包中看到一些奇怪的翻译。它似乎正在将模糊的 DNA 代码翻译为“J”，而“J”并不作为任何东西的代码而存在。我在 Mac OS 10.6.6 上运行 python 2.6.1。
例如：
>>>from Bio.Seq import *
>>>translate('ARAWTAGKAMTA')
'XJXJ'
或者
>>>from Bio.Seq import Seq
>>>c = Seq('ARAWTAGKAMTA')
>>>c.translate().tostring()
'XJXJ'
我已经浏览了 Bio.Data.CodonTable 源和 Bio.Seq 源，但我找不到发生这种情况的原因。有什么想法吗？
谢谢！
标记
I am writing some code intended to translate ambiguous DNA codes into possible amino acids and I am seeing some strange translation from the Biopython 1.56 package. It appears to be translating ambiguous DNA codes to 'J' which does not exist as a code for anything. I am running python 2.6.1 on Mac OS 10.6.6.
For example:
>>>from Bio.Seq import *
>>>translate('ARAWTAGKAMTA')
'XJXJ'
or
>>>from Bio.Seq import Seq
>>>c = Seq('ARAWTAGKAMTA')
>>>c.translate().tostring()
'XJXJ'
I have looked through the Bio.Data.CodonTable source and Bio.Seq source and I cannot find a reason why this would be happening. Any ideas?
Thanks!
Mark
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评论（1）
J 是亮氨酸 (L) 或异亮氨酸 (I)，用于质谱 (NMR)。
另请参阅 http://biostar.stackexchange.com/questions/5688/biopython-translation -错误
J is Leucine (L) or Isoleucine (I), used in mass-spec (NMR).
See also http://biostar.stackexchange.com/questions/5688/biopython-translation-error