用于图像分析的感兴趣区域绘制工具（Python）

Question

为了摆脱 IDL 和 Matlab，我正在探索需要在 python/scipy 等中实现什么样的工具。一个常见的功能是显示医学图像和感兴趣区域的轮廓（例如 IDL 中的 defroi 或 GIU 版本的 xroi）。在 chaco 和 matplotlib 中，有一些 LassoSelection 工具的示例，该工具很接近，但不太适合我的需求（我想单击多边形而不是拖动光标）。

是否有现有的工具可以做到这一点，或者我需要扩展和自定义现有的类？无论哪种情况，指向正确方向的指针都会有所帮助。

Answer 1

看来 matplotlib 不太适合拍摄包含感兴趣区域绘图等功能的交互式数据可视化。当然，它确实处理事件处理等。到目前为止

，我能想到的最好的结果是以 guiqwt。它基于PyQwt，并且还具有相当多的（相当容易满足的）依赖项列表。快速浏览一下他们的图像可视化测试示例，展示了一个方便的工具集建立在.安装和运行这些示例很容易。时间会证明融入我自己的工作是多么容易。

Answer 2

现在 matplotlib 有一个名为“LassoSelector”的漂亮小部件，它使免费多边形绘制变得非常容易。

示例代码在这里：
：

我的简约版本

from pylab import *
from matplotlib.widgets import LassoSelector

fig, ax = plt.subplots()
ax.imshow(np.random.randint(0,255,(255,255)), cmap='gray')

def onselect(verts):
    print verts

lasso = LassoSelector(ax, onselect)

subplots_adjust(left=0.1, bottom=0.1) 

Answer 3

我认为您可以使用 PyQTGraph 来实现此目的，https://launchpad.net/pyqtgraph。我只是很少使用它，因为它比 matplotlib 具有更少的固有选项，但它非常快，并且它确实有一些内置小部件用于您感兴趣的 ROI 选择类型。您可能会发现自己正在构建自定义不过，将 matplotlib 与 PyQTGraph 合并的绘图例程，如果格式不同等可能会导致头痛。它可能会导致更多的簿记，但可能会解决您的问题。

Answer 4

2023 年：您当然应该查看 mpl_interactions

您想要的是 这里。它也适用于 jupyter-notebooks。

官网示例：

参考：
https://mpl-interactions.readthedocs.io（最后访问时间：2023 年 2 月 28 日）

Answer 5

github 上的 jdoepfert 有一个很好的工具可以完全满足您的需求。
我的机器上的性能有点慢，但如果你注释掉 motion_notify_event 它就会发挥作用。