在 win7 上安装 rpy2 时遇到问题（R 2.12，Python 2.5）

Question

我是 Python（以及一般编程）的新手，我来自金融背景，所以请耐心等待。我刚刚开始使用 Python（Enthought 的 Pylab/Scipy/Numpy）和 R 进行统计分析。我正在尝试将 rpy2 安装到 Python 中以集成 R，但出现错误：

尝试猜测 R 的 HOME，但没有找到 R PATH 中的命令。

我不确定这意味着什么。我的 R.exe 的路径是“C:\Program Files\R\R-2.12.1\bin”（如果有用的话）。任何帮助将不胜感激！

这是setup.py的代码

import os, os.path, sys, shutil, re, itertools
from distutils.command.build_ext import build_ext as _build_ext
from distutils.command.build import build as _build

from distutils.core import setup
from distutils.core import Extension


pack_name = 'rpy2'
pack_version = __import__('rpy').__version__


class build(_build):
    user_options = _build.user_options + \
        [
        #('r-autoconfig', None,
        # "guess all configuration paths from " +\
        #     "the R executable found in the PATH " +\
        #     "(this overrides r-home)"),
        ('r-home=', None, 
         "full path for the R home to compile against " +\
             "(see r-autoconfig for an automatic configuration)"),
        ('r-home-lib=', None,
         "full path for the R shared lib/ directory " +\
             "(<r-home>/lib otherwise)"),
        ('r-home-modules=', None,
         "full path for the R shared modules/ directory " +\
             "(<r-home>/modules otherwise)") 
        ]
    boolean_options = _build.boolean_options #+ \
        #['r-autoconfig', ]


    def initialize_options(self):
        _build.initialize_options(self)
        self.r_autoconfig = None
        self.r_home = None
        self.r_home_lib = None
        self.r_home_modules = None

class build_ext(_build_ext):
    """
    -DRPY_VERBOSE
    -DRPY_DEBUG_PRESERV
    -DRPY_DEBUG_PROMISE    : evaluation of promises
    -DRPY_DEBUG_OBJECTINIT : initialization of PySexpObject
    -DRPY_DEBUG_CONSOLE    : console I/O
    -DRPY_DEBUG_COBJECT    : SexpObject passed as a CObject
    -DRPY_DEBUG_GRDEV
    """
    user_options = _build_ext.user_options + \
        [
        #('r-autoconfig', None,
        #  "guess all configuration paths from " +\
        #      "the R executable found in the PATH " +\
        #      "(this overrides r-home)"),
        ('r-home=', None, 
         "full path for the R home to compile against " +\
             "(see r-autoconfig for an automatic configuration)"),
        ('r-home-lib=', None,
         "full path for the R shared lib/ directory" +\
             "(<r-home>/lib otherwise)"),
        ('r-home-modules=', None,
         "full path for the R shared modules/ directory" +\
             "(<r-home>/modules otherwise)")]

    boolean_options = _build_ext.boolean_options #+ \
        #['r-autoconfig', ]

    def initialize_options(self):
        _build_ext.initialize_options(self)
        self.r_autoconfig = None
        self.r_home = None
        self.r_home_lib = None
        self.r_home_modules = None

    def finalize_options(self):
        self.set_undefined_options('build',
                                   #('r_autoconfig', 'r_autoconfig'),
                                   ('r_home', 'r_home'))
        _build_ext.finalize_options(self) 
        if self.r_home is None:
            self.r_home = os.popen("R RHOME").readlines()
            if len(self.r_home) == 0:
                raise SystemExit("Error: Tried to guess R's HOME but no R command in the PATH.")

    #Twist if 'R RHOME' spits out a warning
            if self.r_home[0].startswith("WARNING"):
                self.r_home = self.r_home[1]
            else:
                self.r_home = self.r_home[0]
            #self.r_home = [self.r_home, ]

        if self.r_home is None:
            raise SystemExit("Error: --r-home not specified.")
        else:
            self.r_home = self.r_home.split(os.pathsep)

        rversions = []
        for r_home in self.r_home:
            r_home = r_home.strip()
        rversion = get_rversion(r_home)
        if cmp_version(rversion[:2], [2, 8]) == -1:
            raise SystemExit("Error: R >= 2.8 required.")
        rversions.append(rversion)

        config = RConfig()
        for about in ('--ldflags', '--cppflags', 
                      'LAPACK_LIBS', 'BLAS_LIBS'):
            config += get_rconfig(r_home, about)

        print(config.__repr__())

        self.include_dirs.extend(config._include_dirs)
        self.libraries.extend(config._libraries)
        self.library_dirs.extend(config._library_dirs)

        if self.r_home_modules is None:
            self.library_dirs.extend([os.path.join(r_home, 'modules'), ])
        else:
            self.library_dirs.extends([self.r_home_modules, ])

        #for e in self.extensions:
        #    self.extra_link_args.extra_link_args(config.extra_link_args)
        #    e.extra_compile_args.extend(extra_compile_args)

    def run(self):
        _build_ext.run(self)



def get_rversion(r_home):
    r_exec = os.path.join(r_home, 'bin', 'R')
    # Twist if Win32
    if sys.platform == "win32":
        rp = os.popen3('"'+r_exec+'" --version')[2]
    else:
        rp = os.popen('"'+r_exec+'" --version')
    rversion = rp.readline()
    #Twist if 'R RHOME' spits out a warning
    if rversion.startswith("WARNING"):
        rversion = rp.readline()
    m = re.match('^R version ([^ ]+) .+$', rversion)
    rversion = m.groups()[0]
    rversion = rversion.split('.')
    rversion[0] = int(rversion[0])
    rversion[1] = int(rversion[1])
    return rversion

def cmp_version(x, y):
    if (x[0] < y[0]):
        return -1
    if (x[0] > y[0]):
        return 1
    if (x[0] == y[0]):
        if len(x) == 1 or len(y) == 1:
            return 0
        return cmp_version(x[1:], y[1:])

class RConfig(object):
    _include_dirs = None
    _libraries = None
    _library_dirs = None 
    _extra_link_args = None
    _frameworks = None
    _framework_dirs = None
    def __init__(self,
                 include_dirs = tuple(), libraries = tuple(),
                 library_dirs = tuple(), extra_link_args = tuple(),
                 frameworks = tuple(),
                 framework_dirs = tuple()):
        for k in ('include_dirs', 'libraries', 
                  'library_dirs', 'extra_link_args'):
            v = locals()[k]
            if not isinstance(v, tuple):
                if isinstance(v, str):
                    v = [v, ]
            v = tuple(set(v))
            self.__dict__['_'+k] = v
        # frameworks are specific to OSX
        for k in ('framework_dirs', 'frameworks'):
            v = locals()[k]
            if not isinstance(v, tuple):
                if isinstance(v, str):
                    v = [v, ]
            v = tuple(set(v))
            self.__dict__['_'+k] = v
            self.__dict__['_'+'extra_link_args'] = tuple(set(v + self.__dict__['_'+'extra_link_args']))


    def __repr__(self):
        s = 'Configuration for R as a library:' + os.linesep
        s += os.linesep.join(
            ['  ' + x + ': ' + self.__dict__['_'+x].__repr__() \
                 for x in ('include_dirs', 'libraries',
                           'library_dirs', 'extra_link_args')])
        s += os.linesep + ' # OSX-specific (included in extra_link_args)' + os.linesep 
        s += os.linesep.join(
            ['  ' + x + ': ' + self.__dict__['_'+x].__repr__() \
                 for x in ('framework_dirs', 'frameworks')]
            )

        return s

    def __add__(self, config):
        assert isinstance(config, RConfig)
        res = RConfig(include_dirs = self._include_dirs + \
                          config._include_dirs,
                      libraries = self._libraries + config._libraries,
                      library_dirs = self._library_dirs + \
                          config._library_dirs,
                      extra_link_args = self._extra_link_args + \
                          config._extra_link_args)
        return res
    @staticmethod
    def from_string(string, allow_empty = False):
        possible_patterns = ('^-L(?P<library_dirs>[^ ]+)$',
                             '^-l(?P<libraries>[^ ]+)$',
                             '^-I(?P<include_dirs>[^ ]+)$',
                             '^(?P<framework_dirs>-F[^ ]+?)$',
                             '^(?P<frameworks>-framework [^ ]+)$')
        pp = [re.compile(x) for x in possible_patterns]
        # sanity check of what is returned into rconfig
        rconfig_m = None        
        span = (0, 0)
        rc = RConfig()
        for substring in re.split('(?<!-framework) ', string):
            ok = False
            for pattern in pp:
                rconfig_m = pattern.match(substring)
                if rconfig_m is not None:
                    rc += RConfig(**rconfig_m.groupdict())
                    span = rconfig_m.span()
                    ok = True
                    break
                elif rconfig_m is None:
                    if allow_empty and (rconfig == ''):
                        print(cmd + '\nreturned an empty string.\n')
                        rc += RConfig()
                        ok = True
                        break
                    else:
                        # if the configuration points to an existing library, 
                        # use it
                        if os.path.exists(string):
                            rc += RConfig(library = substring)
                            ok = True
                            break
            if not ok:
                raise ValueError('Invalid substring\n' + substring 
                                 + '\nin string\n' + string)
        return rc

def get_rconfig(r_home, about, allow_empty = False):
    r_exec = os.path.join(r_home, 'bin', 'R')
    cmd = '"'+r_exec+'" CMD config '+about
    rp = os.popen(cmd)
    rconfig = rp.readline()
    #Twist if 'R RHOME' spits out a warning
    if rconfig.startswith("WARNING"):
        rconfig = rp.readline()
    rconfig = rconfig.strip()
    rc = RConfig.from_string(rconfig)
    return rc


def getRinterface_ext():
    #r_libs = [os.path.join(RHOME, 'lib'), os.path.join(RHOME, 'modules')]
    r_libs = []
    extra_link_args = []

    #FIXME: crude way (will break in many cases)
    #check how to get how to have a configure step
    define_macros = []

    if sys.platform == 'win32':
        define_macros.append(('Win32', 1))
    else:
        define_macros.append(('R_INTERFACE_PTRS', 1))
        define_macros.append(('HAVE_POSIX_SIGJMP', 1))

    define_macros.append(('CSTACK_DEFNS', 1))
    define_macros.append(('RIF_HAS_RSIGHAND', 1))

    include_dirs = []

    rinterface_ext = Extension(
            name = pack_name + '.rinterface.rinterface',
            sources = [ \
            #os.path.join('rpy', 'rinterface', 'embeddedr.c'), 
            #os.path.join('rpy', 'rinterface', 'r_utils.c'),
            #os.path.join('rpy', 'rinterface', 'buffer.c'),
            #os.path.join('rpy', 'rinterface', 'sequence.c'),
            #os.path.join('rpy', 'rinterface', 'sexp.c'),
            os.path.join('rpy', 'rinterface', 'rinterface.c')
                       ],
            depends = [os.path.join('rpy', 'rinterface', 'embeddedr.h'), 
                       os.path.join('rpy', 'rinterface', 'r_utils.h'),
                       os.path.join('rpy', 'rinterface', 'buffer.h'),
                       os.path.join('rpy', 'rinterface', 'sequence.h'),
                       os.path.join('rpy', 'rinterface', 'sexp.h'),
                       os.path.join('rpy', 'rinterface', 'rpy_rinterface.h')
                       ],
            include_dirs = [os.path.join('rpy', 'rinterface'),] + include_dirs,
            libraries = ['R', ],
            library_dirs = r_libs,
            define_macros = define_macros,
            runtime_library_dirs = r_libs,
            #extra_compile_args=['-O0', '-g'],
            #extra_link_args = extra_link_args
            )

    rpy_device_ext = Extension(
        pack_name + '.rinterface.rpy_device',
            [
            os.path.join('rpy', 'rinterface', 'rpy_device.c'),
             ],
            include_dirs = include_dirs + 
                            [os.path.join('rpy', 'rinterface'), ],
            libraries = ['R', ],
            library_dirs = r_libs,
            define_macros = define_macros,
            runtime_library_dirs = r_libs,
            #extra_compile_args=['-O0', '-g'],
            extra_link_args = extra_link_args
        )

    return [rinterface_ext, rpy_device_ext]


rinterface_exts = []
ri_ext = getRinterface_ext()
rinterface_exts.append(ri_ext)

pack_dir = {pack_name: 'rpy'}

import distutils.command.install
for scheme in distutils.command.install.INSTALL_SCHEMES.values():
    scheme['data'] = scheme['purelib']

setup(
    #install_requires=['distribute'],
    cmdclass = {'build': build,
                'build_ext': build_ext},
    name = pack_name,
    version = pack_version,
    description = "Python interface to the R language",
    url = "http://rpy.sourceforge.net",
    license = "AGPLv3.0 (except rpy2.rinterface: LGPL)",
    author = "Laurent Gautier",
    author_email = "[email protected]",
    ext_modules = rinterface_exts[0],
    package_dir = pack_dir,
    packages = [pack_name,
                pack_name + '.rlike',
                pack_name + '.rlike.tests',
                pack_name + '.rinterface',
                pack_name + '.rinterface.tests',
                pack_name + '.robjects',
                pack_name + '.robjects.tests',
                pack_name + '.robjects.lib',
                ],
    classifiers = ['Programming Language :: Python',
                   'License :: OSI Approved :: GNU Library or Lesser General Public License (LGPL)',
                   'License :: OSI Approved :: GNU Affero General Public License v3',
                   'Intended Audience :: Developers',
                   'Intended Audience :: Science/Research',
                   'Development Status :: 5 - Production/Stable'
                   ],
    data_files = [(os.path.join('rpy2', 'images'), 
                   [os.path.join('doc', 'source', 'rpy2_logo.png')])]

    #[pack_name + '.rinterface_' + x for x in rinterface_rversions] + \
        #[pack_name + '.rinterface_' + x + '.tests' for x in rinterface_rversions]
    )

Answer 1

我知道我来晚了一点，但我遇到了同样的问题，并通过 conda 安装使其在 Windows 7 上运行

conda install --channel https://conda.binstar.org/joshadel rpy2

Answer 2

我在尝试将 rpy2 与 R 2.12 和 Python 2.6 一起使用时遇到了类似的问题（按照 rpy2 文档的建议）。

看来 Windows 二进制文件来自 http://cran .r-project.org/bin/windows/base/R-2.12.1-win.exe 将所需的 R.dll 安装在 rpy2 不需要的目录中。

我已将 R\R-2.12.1\bin\i386 中的所有文件复制到 bin 目录，设置环境变量 R_HOME 指向 R\R-2.12.1，然后就可以了。

Answer 3

我遇到了一个有些不同但相关的安装问题，最后在 http://www.mail-archive.com/[电子邮件受保护]/msg02817.html

之后通过 rpy2-2.0.8.win32-py2.6.msi 安装了 rpy2 2.0.8（Windows 7（64 位）、python 2.6、R 2.14（32 位和 64 位，通过 RAndFriendsSetup2140V3.2-1-1.exe）），并尝试在 python 控制台中导入 rpy2，我得到了异常：

无法找到 R.dll

将以下行添加到 rinterface/__init__.py 使其工作：

if os.path.exists(os.path.join(R_HOME, 'lib')):             ## ADDED ##
    os.environ['PATH'] += ';' + os.path.join(R_HOME, 'bin')
    os.environ['PATH'] += ';' + os.path.join(R_HOME, 'modules')
    os.environ['PATH'] += ';' + os.path.join(R_HOME, 'lib')
else:                                   ## ADDED ##
    os.environ['PATH'] += ';' + os.path.join(R_HOME, 'bin', 'i386')     ## ADDED ##
    os.environ['PATH'] += ';' + os.path.join(R_HOME, 'modules', 'i386') ## ADDED ##
    os.environ['PATH'] += ';' + os.path.join(R_HOME, 'library')     ## ADDED ##

# Load the R dll using the explicit path
# First try the bin dir:
Rlib = os.path.join(R_HOME, 'bin', 'R.dll')
# Try bin/i386 subdirectory seen in R 2.12.0                ## ADDED ##
if not os.path.exists(Rlib):                        ## ADDED ##
    Rlib = os.path.join(R_HOME, 'bin', 'i386', 'R.dll')         ## ADDED ##
# Then the lib dir:
if not os.path.exists(Rlib):
    Rlib = os.path.join(R_HOME, 'lib', 'R.dll')
# Otherwise fail out!
if not os.path.exists(Rlib):
    raise RuntimeError("Unable to locate R.dll within %s" % R_HOME)

事实证明，R.dll 是已移动，但 __init__.py 未相应更新。因此，只需编辑 __init__.py 文件即可解决问题。

然后我尝试复制 Taj G 的情况，我做到了。
将“your_R_installation_dir\bin\i386”添加到Windows环境变量PATH后，旧错误消失了，但又出现了新错误：

ValueError: Invalid substring in string

似乎需要安装一些额外的部分，并且需要正确配置C/C++编译器。我在这里放弃了。在 Windows 上使用 easy_install 从源代码构建 rpy2 似乎非常棘手，而且目前还没有正式支持。

虽然与 2.2.4 相比，rpy2 2.0.8 并不是一个成熟的版本，但它是 sourceforge 上带有标准 Windows 安装程序的最新版本。就目前而言，这是一个简单的选择。

Answer 4

我也遇到了 RPy2 的问题，但在日复一日地尝试各种不同的解决方案之后，我从未真正让它发挥作用。我鼓励您尝试人们告诉您的所有好主意，我很想看看它们是否有效！

如果您像我一样失败，您可以根据您的目的通过以下方式使用解决方法：

1. 使用您想要使用的所有函数编写 R 代码，该代码还调用您想要使用的库。将所有这些函数和库调用放入一个文件 (temp.r)。例如，也许我的文件看起来像

   <前><代码>
   CurrentYear <- function(birth.year,age) {
   年份 <- 出生年份 + 年龄
   回报(年)
   }

2. 使用 python 提示用户输入以进行函数调用。我使用 GUI 完成了此操作，您可能只需在终端中使用脚本即可完成此操作。

3. 使用 python 通过 R 函数调用创建字符串。例如，我们可能有

    stuff = '\nCurrentYear("%(birth.year)d", "%(age)d")\n' %vars() 

   其中birth.year和age已由用户在python程序中输入。

4. 使用 python 将 stuff 添加到 temp.r 的末尾：

   <前><代码>
   # 创建 temp.r 的副本，以免干扰其内容以供将来使用。
   tocall = copyfile("C:\我的文档\temp.r", "C:\我的文档\tocall.r")
   # 打开副本并意图附加它（因此是“a”）
   inp = open("C:\tocall.r", "a")
   # 将函数调用添加到 R 脚本
   inp.write（东西）
   inp.close()
   # 导航到正确的目录，使用“Rscript”
# 在 shell 中运行代码
   dostuff = call('cd C:\My Documents &Rscript temp.r', shell = True)

5. 利润

我不确定这种方法的缺点是什么，但它对我有用。如果您整个 RPy2 失败，希望这会有所帮助！

Answer 5

我在 win32 "WINBLOW :)" XP 下在 python 中运行 rpy2 时遇到了完全相同的问题；但我终于成功了！

我是这样做的：

1. 与 Guillaume 一样，我必须将所有文件从 C:\Program Files\R\R-2.15.0\bin\i386 复制到 R\R-2.15.0

2. 我必须设置一个环境变量

转到我的电脑>属性>高级>环境变量>
变量：“PATH”，在“Value”末尾添加;C:\Program Files\R\R-2.15.0

1. 重新运行python setup.py build install在命令提示符下 C:\Python27\rpy2>

希望这有帮助，请告诉我这是否适合您。

Answer 6

从源代码中让 rpy2 最终可以与 Windows 7 一起使用。如果它对你不起作用，就像对我不起作用一样。请参阅在 Windows 7 上安装 rpy2。

希望这有帮助！