更高效的 R / Sweave / TeXShop 工作流程？

Question

现在，我的 Mac OS X 10.6 机器上一切正常，这样我就可以使用 Sweave 创建外观漂亮的 LaTeX 文档，其中包括 R 代码片段、输出和 LaTeX 格式。不幸的是，我觉得我的工作流程有点笨拙和低效：

1. 使用 TextWrangler，我一起编写 LaTeX 代码和 R 代码（由 <<>>= 上方和 @ 下方的 R 代码块包围）在一个 .Rnw 文件中。

2. 保存更改后，我使用 Sweave 命令从 R 调用 .Rnw 文件

   Sweave(file="/Users/mymachine/Documents/Assign4.Rnw", 
           语法=“SweaveSyntaxNoweb”）
   

   作为响应，R 输出以下消息：

   <块引用>

   您现在可以在“Assign4.tex”上运行 LaTeX

   然后我在 R 目录中找到 .tex 文件 (Assign4.tex)，并将其复制到我的文档 ~/Documents/ 中 .Rnw 文件所在的文件夹（以将所有内容保留在一处）。

3. 然后我在TeXShop中打开.tex文件（例如Assign4.tex）并将其编译为pdf格式。只有在这一点上，我才能看到我对文档所做的任何更改，并查看它是否“看起来不错”。

有没有一种方法可以让我一键点击编译所有内容？具体来说，直接从 TextWrangler 或 TeXShop 调用 Sweave / R 会很好。我怀疑可能可以在终端中编写脚本来完成此操作，但我没有使用终端的经验。

如果我可以做任何其他事情来简化或改进我的工作流程，请告诉我。

Answer 1

我对 Sweave 文档使用以下形式的 Makefile：

pdf: myfile.tex
    R CMD texi2pdf myfile.tex

myfile.tex: myfile.Rnw
    R CMD Sweave myfile.Rnw

可以通过运行命令 make pdf 在 Mac OS 终端中一步构建文档

然后我 当然有一种方法可以让它更接近 Mac OS X 中的一键式目标，但这对我来说已经足够好了。

Answer 2

使用 Gregor Gorjanc 的 Sweave.sh 脚本可以在 TeXShop 中轻松完成一键式 Sweaving。
从 http://cran.r-project.org/contrib/extra/scripts/Sweave 获取.sh 并将其放入您的 ~/Library/TeXShop/bin/ 文件夹中。

然后将以下文件添加到您的 ~/Library/TeXShop/engines/ 文件夹中：

As Sweave.engine:

#!/bin/bash
~/Library/TeXShop/bin/Sweave.sh  -ld "$1"

As SweaveNoClean.engine:

#!/bin/bash
~/Library/TeXShop/bin/Sweave.sh  -nc -ld "$1"

You'您必须设置 Sweave.sh 和两个引擎文件的权限以允许执行。

要一键 Sweave，请在添加这些文件后重新启动 TeXShop，打开 Sweave 文档（带有 Rnw 扩展名），然后在文档窗口上方的下拉菜单中将其从 LaTeX 更改为 Sweave 或 SweaveNoClean。

注意：“Sweave”选项会自行清理，删除 LaTeX 和 Sweave 创建的所有额外文件。如果您的文件名为 myfile.Rnw，则这将包括名为 myfile.R 和 myfile.tex 的文件。所以忠告一句：确保你的 Rnw 文件的基名是唯一的；那么任何意外的事情都不会被覆盖然后删除。

SweaveNoClean 选项不会自行清理。这可以确保您不会删除任何意外的内容；不过，如果您 Sweave myfile.Rnw，它仍然可以覆盖名为 myfile.tex 的文件。这也不会删除已创建的任何图形，以防您希望将它们与完整排版文档分开。

Answer 3

在 bash shell 命令行上：

R CMD Sweave foo.Rnw && pdflatex foo.tex

运行 Sweave，如果成功，则继续执行 pdflatex。弹出一个pdf文件。如果你在 bash 终端中得到了这个，那么只需点击向上箭头即可将其恢复并再次执行。又来了。又来了。

Makefile 解决方案也不错。

Answer 4

RStudio 有一个按钮可以一次性完成此操作。需要注意的是，它在自己的会话中运行，因此您可能设置的任何工作区变量都将被忽略。

Answer 5

请注意：您实际上可以使用 texi2dvi （在工具包中）直接从 R 调用 pdflatex 等内容。例如：

Sweave(file="/Users/mymachine/Documents/Assign4.Rnw")

texi2pdf("Assign4.tex")

将您的 Rnw 文件编译为 pdf。因此，不需要让 R 来处理 tex->pdf 步骤。

Answer 6

我将它们（保存为 sweave.engine 和 sweavebibtex.engine）用于 texshop 中的自定义引擎。我通常在 R 中编写一个代码块，然后将该块复制到我在 texshop 中打开的 rnw 文件中。我想要一个解决方案，让我可以在同一文档（不是 emacs）中对 R 和 tex 进行语法突出显示和拼写更正。

#!/bin/bash
echo 'SWEAVE | PDFLATEX. Custom engine--Akasurak-16Nov2009'
export PATH=$PATH:/usr/texbin:/usr/local/bin
R CMD Sweave "$1"
pdflatex "${1%.*}"

第二，对于 bibtex 也是如此：

#!/bin/bash
date
before="$(date +%s)"
echo 'SWEAVE | PDFLATEX | BIBTEX | PDFLATEX | PDFLATEX. Custom engine--Akasurak-16Nov2009'
#Updated 20Jul2010 for auto including Sweave.sty


export PATH=$PATH:/usr/texbin:/usr/local/bin

R CMD Sweave "$1"
R CMD pdflatex "${1%.*}"
bibtex  "${1%.*}.aux"
R CMD pdflatex "${1%.*}"
R CMD pdflatex "${1%.*}"


after="$(date +%s)"
elapsed_seconds="$(expr $after - $before)"
date
echo Elapsed time '(m:s)': $(date -r $elapsed_seconds +%M:%S)

不能说它们是最好的做事方式，但它们确实有效。

Answer 7

我使用 Aquamacs 或 Eclipse 来编辑 .Rnw 文件，然后使用以下 shell 函数进行编译和编译：查看它：

sweaveCache () {
  Rscript -e "library(cacheSweave); setCacheDir(getwd()); 
    Sweave('$1.Rnw', driver = cacheSweaveDriver)" && 
  pdflatex --shell-escape $1.tex && 
  open $1.pdf
}

请注意，我正在使用 cacheSweave 驱动程序，这有助于避免不断地重新执行需要很长时间才能运行的代码部分。

顺便说一句，我也尝试切换到 Babel 而不是 Sweave ;不确定我最终会更频繁地使用哪个，但 Babel 肯定有我喜欢的方面。

Answer 8

最好的解决方案就在这里：您创建一个新的 *.engine 供 TeXShop 使用，然后使用快捷键或 1 按钮进行排版。

http://cameron.bracken.bz/sweave-for-texshop

Cameron也很反应灵敏，所以我强烈推荐他的解决方案。

Answer 9

如果您愿意切换到（付费）解决方案，TextMate 有一个 Sweave 插件，可以将您从 .Rnw 转换为 PDF一步完成：编织、排版和查看。与可配置为重新加载 PDF 的 Skim 结合使用，它使调整文件变得非常容易。

Answer 10

我遇到了同样的问题（我使用 Mac OSX），我选择下载 Eclipse Classic 3.6.2。然后安装StatET插件。设置起来有点麻烦，但一旦你这样做了，这个环境就很好了，因为你可以使用 pdflatex 一键编译你的 .Rwn Sweave 文档，并为你最喜欢的查看器设置选项，这样当你像它一样编译时，.pdf 就会自动弹出在 TeXShop 中。您也可以在 TeXShop 中执行此操作，但 TeXShop 不太适合调试 .Rnw 文件，并且它不会突出显示 .Rwn 文件中的 R 代码。在 Eclipse 中，您可以自定义语法突出显示（不是 Texclipse 端最好的，但还可以），以便您可以轻松区分 R 和 LaTeX 代码。您还可以从 Eclipse 中启动 R 控制台，它有一个图形对象浏览器。无论如何，我可以继续下去。如果您想了解如何全部安装的详细信息，请给我留言。

Answer 11

猜猜我在这方面迟到了，但我整理了一个网页，记录了我基于 Eclipse 的 Sweave 工作流程（使用一键式 sweave）：

http://www.stanford.edu/~messing/ComputationalSocialScienceWorkflow.html