如何在HPC集群上创建分布式后缀树
我想为 4 GB 的输入字符串创建后缀树。理想情况下，内存中树的大小约为 100 GB。我无法在普通桌面上执行此操作。有没有办法在Windows HPC集群上做到这一点？如何将后缀树分布在HPC的不同计算节点上？
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评论（1）
是的，可以这样做； Google Scholar 列出了 关于该主题的几篇论文。诀窍在于将部分后缀初始分配给初始处理器；必须选择它，以便每个处理器都可以独立地找到它的树部分。一旦完成，通常的后缀树操作就可以相当有效地完成。我不知道任何公开的实现示例。
Yes, it's possible to do this; Google Scholar lists several papers on the topic. The trick is in the initial assignment of partial suffixes to the initial processors; that has to be chosen so that each processor can go off and find it's section of the tree independantly. Once that's done, the usual suffix-tree operations can be done fairly efficiently. I don't know any public examples of implementations.