在 R 中生成调用图

发布于 2024-10-14 05:03:21 字数 464 浏览 8 评论 0原文

我收到了大量格式不正确、包含大量函数的整体 R 代码，我想弄清楚哪些函数调用哪些函数。

我以为我可以使用 roxygen 的 @callGraph 东西，但是 a) 代码需要放在一个包中，这对于这段代码来说会是一个令人头痛的问题，b) 当我在一个简单的程序上运行它时，它甚至似乎不起作用我的包裹。我看到一位 Roxygen 作者的帖子说，由于 Rgraphviz 依赖性，调用图生成被禁用，但代码就在那里。反正。

有人有更好的方法来快速计算出 foo 调用 bar、baz 和 qux，而 qux 调用 quux 吗？

编辑：基于 R 分析系统的解决方案很棒，假设您实际上可以运行代码...文件中的一半内容没有运行，我不知道它的作用...静态分析太多了我想，是为了希望。

编辑2：Roxygen 的调用图似乎做了静态分析，基于函数表达式的递归下降并检查is.callable。能够在任何函数上运行它真是太棒了......我明天可能会玩这个......

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说好的呢 2024-10-21 05:03:22

我没有使用过它，但快速浏览一下 proftools包表明它可以做到这一点。您必须首先运行 Rprof，然后使用 proftools 来分析输出。我认为您需要 plotProfileCallGraph() 函数。

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忆伤 2024-10-21 05:03:22

除了 proftools 和 profr 之外，R Wiki 上还有 Romain 的 Perl 脚本。与 graphviz 结合，它可以绘制图形（边缘加权）——请参阅此处< /a> 了解更多。

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青丝拂面 2024-10-21 05:03:21

profr 会帮助你吗？从文档中：

> ?profr
> glm_ex <- profr(example(glm))
Read 17 items
>      head(glm_ex)
             f level time start  end  leaf source
8      example     1 0.32  0.00 0.32 FALSE  utils
9  <Anonymous>     2 0.04  0.00 0.04 FALSE   <NA>
10      source     2 0.28  0.04 0.32 FALSE   base
11  prepare_Rd     3 0.02  0.00 0.02 FALSE   <NA>
12      render     3 0.02  0.02 0.04 FALSE   <NA>
13 getSrcLines     3 0.02  0.04 0.06 FALSE   base
>      summary(glm_ex)
               f          level             time          start       
 eval.with.vis  :10   Min.   : 1.000   Min.   :0.02   Min.   :0.0000  
 <Anonymous>    : 3   1st Qu.: 4.000   1st Qu.:0.02   1st Qu.:0.1200  
 lazyLoadDBfetch: 3   Median : 6.000   Median :0.02   Median :0.2000  
 %in%           : 3   Mean   : 7.211   Mean   :0.03   Mean   :0.1769  
 inherits       : 3   3rd Qu.: 9.000   3rd Qu.:0.02   3rd Qu.:0.2600  
 is.factor      : 3   Max.   :22.000   Max.   :0.32   Max.   :0.3000  
 (Other)        :65                                                   
      end            leaf            source         
 Min.   :0.0200   Mode :logical   Length:90         
 1st Qu.:0.1500   FALSE:75        Class :character  
 Median :0.2400   TRUE :15        Mode  :character  
 Mean   :0.2069   NA's :0                           
 3rd Qu.:0.2800                                     
 Max.   :0.3200                                     

> plot(glm_ex)

在此处输入图像描述

不完全是您想要的，但您可以根据您的需要进行调整。

Would profr help you out? From the documentation:

> ?profr
> glm_ex <- profr(example(glm))
Read 17 items
>      head(glm_ex)
             f level time start  end  leaf source
8      example     1 0.32  0.00 0.32 FALSE  utils
9  <Anonymous>     2 0.04  0.00 0.04 FALSE   <NA>
10      source     2 0.28  0.04 0.32 FALSE   base
11  prepare_Rd     3 0.02  0.00 0.02 FALSE   <NA>
12      render     3 0.02  0.02 0.04 FALSE   <NA>
13 getSrcLines     3 0.02  0.04 0.06 FALSE   base
>      summary(glm_ex)
               f          level             time          start       
 eval.with.vis  :10   Min.   : 1.000   Min.   :0.02   Min.   :0.0000  
 <Anonymous>    : 3   1st Qu.: 4.000   1st Qu.:0.02   1st Qu.:0.1200  
 lazyLoadDBfetch: 3   Median : 6.000   Median :0.02   Median :0.2000  
 %in%           : 3   Mean   : 7.211   Mean   :0.03   Mean   :0.1769  
 inherits       : 3   3rd Qu.: 9.000   3rd Qu.:0.02   3rd Qu.:0.2600  
 is.factor      : 3   Max.   :22.000   Max.   :0.32   Max.   :0.3000  
 (Other)        :65                                                   
      end            leaf            source         
 Min.   :0.0200   Mode :logical   Length:90         
 1st Qu.:0.1500   FALSE:75        Class :character  
 Median :0.2400   TRUE :15        Mode  :character  
 Mean   :0.2069   NA's :0                           
 3rd Qu.:0.2800                                     
 Max.   :0.3200                                     

> plot(glm_ex)

enter image description here

Not quite what you are after, but you may be able to adapt it to your needs.

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