如何在 LaTeX 文档中包含复杂的 R 绘图？

Question

我遇到以下代码片段的问题：

\documentclass{article}
\usepackage{graphicx}
\begin{document}
\includegraphics{myscatterplot.pdf}
\end{document}

其中“myscatterplot.pdf”是由 R 中的以下代码生成的：

library(scatterplot3d)
pdf("myscatterplot.pdf")
scatterplot3d(rnorm(100), rnorm(100), 1:100, highlight.3d = TRUE)
dev.off()

问题是使用 texworks (pdfLatex+makeindex+bibtex) 编译时生成的 LaTeX 文档具有图形轴，但绘图或轴标签中没有任何点（在这种情况下，它只是 3d 轴本身）。 R 或 LaTeX 没有输出错误或警告消息。 我正在使用：

• Windows 7 上的 R 2.12.1、
• MiKTeX 2.8、
• TeXworks
• Adob​​e Reader 9（不确定这是否是 相关...）

我已经能够使用 \includegraphics 命令包含该图的 png 版本，并使用 adobe 打开“myscatterplot.pdf”显示我想要在文档中显示的图。

我尝试使用 tikz 包作为解决方法，但似乎 scatterplot3d 生成的信息太多，由于内存大小，结果图无法包含在乳胶文档中（错误（我的实际绘图将有 10000 + 点！ ）

我怀疑问题是由于“.pdf”文件中的字体引起的，但我尝试使用 \includegraphics(changefont.pdf) 来更改 pdf 字体，

pdf("changefont.pdf")
par(family = "Helvetica")
scatterplot3d(rnorm(100), rnorm(100), 1:100, highlight.3d = TRUE)
dev.off()

完全相同。

结果 我正在考虑的问题是，也许 scatterplot3d 输出实际上是多个图像，而 \includegraphics 仅从 pdf 文件中获取第一个数字（轴），在这种情况下，我仍然不确定如何解决它。 我真的很感激一个解决方法，

因为我最终想用 Sweave 来完成所有这些，这让我对这个包原本漂亮的输出感到痛苦！

编辑

1：

所以，第一个 。建议使用 EPS 格式而不是 pdf。这产生了一些结果，但不是我想要的。我运行了以下命令：

\documentclass{article}
\usepackage{graphicx,epstopdf}
\begin{document}
\begin{figure}
\includegraphics[angle = 270, width= 6in, keepaspectratio=true]{change.eps}
\end{figure}
\end{document}

我使用

postscript("change.eps")
scatterplot3d(rnorm(100), rnorm(100), 1:100, highlight.3d = TRUE)
dev.off()

This did 生成了“change.eps”，产生了改进（尽管奇怪的是，它在乳胶输出中将绘图顺时针旋转了 90 度！），并且我现在我的乳胶输出中有来自散点图的轴和点！然而，轴标签仍然不在图上，即使我已经使用 Ghostview 打开“change.eps”，并且轴位于图中！似乎 scatterplot3d 输出数字的方式与 \includegraphics 搜索数字的方式不一致......

所以，我仍在寻找包含轴标签的解决方案。

Answer 1

您可以尝试 Sweave：http://www.statistik.lmu.de/~leisch/Sweave / （Sweave 是一个允许在 Latex 文档中嵌入 R 代码以进行完整数据分析的工具）

Answer 2

如果你想将 pdf 图像插入文件中，我认为你必须使用 pdflatex 而不是标准乳胶。如果未安装，我会尝试从 R 生成 eps 格式的数字，而不是 pdf。

Answer 3

我记得曾遇到过类似的问题。但不记得我是否能在图中看到标签。回顾代码，我在 R 级别修改了两个参数：

par(xpd=NA)
par(oma=c(3, 3, 0, 0))

也用于 postscript，以免图形旋转 90 度：

postscript(file="xx.eps", horizontal=FALSE)

HTH

Answer 4

实际上，我来到这里时遇到了完全相同的问题（TexWorks、pdfLatex、Windows 7）。我发现了一些有趣的事情：当我第一次启动 Latex 时，图形出现时带有轴等等，当我重新运行 pdfLatex 时，轴再次消失。这给了我一种预感，我想通了：尽管乳胶预览不显示轴，但 PDF 格式却显示轴。您甚至不必告诉 \includegraphics 命令图形是 PDF 格式。

pdf("C:/Users/Orr/Documents/Leiden University/Master thesis/Chapters/Images/bioRes/Boxplots mouse raw data.pdf")
boxplot(mouse_data_raw,main="Mouse raw data")
dev.off()

\begin{figure}[t]
\includegraphics[scale=0.5]{mouse-box-raw}
\includegraphics[scale=0.5]{human-box-raw}
\end{figure}

Answer 5

这是与 LaTeX 超出其可用内存相关的旁注。

我刚刚使用你的例子和 tikzDevice 做了一些压力测试，看起来结果很大程度上取决于使用哪个 TeX 引擎。特别值得注意的是 luatex，它是 pdftex 的后继者，事实证明它能够处理包含许多图形元素的绘图。

• pdflatex：

  通过了1000分的剧情，超出了记忆，在10,000时死亡。

• xelatex：

  同样超出内存，在10000点时死亡。

• lualatex：

  在大约 45 秒内咀嚼了 10,000 个点并生成了 1 MB PDF 文件。在约 7.5 分钟内艰难地完成 100,00 个点（10 MB 输入文件），生成 8.5 MB PDF 文件，内存使用量达到峰值约 750 MB。没有尝试 100 万个基准。

看起来pdftex和xetex在程序启动时预先分配了所有内存，这就是它们所能获得的全部内存。另一方面，luatex 似乎可以动态分配内存，因此仅受可用 RAM 量的限制。

因此，如果 pdflatex 给您带来“内存不足”错误，请尝试使用 lualatex 来试试！

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这些测试是使用 TeX Live 2010 发行版中包含的 TeX 编译器完成的。我也是 tikzDevice 的作者之一

Answer 6

查看使用您列出的命令生成的 myscatterplot.pdf，轴和标签都在那里。然而，pdf 相当大（7 英寸 x 7 英寸）。

如果您使用 pdf() 的体重/身高参数有帮助吗？

pdf("myscatterplot.pdf", height=3.5, width=3.5)