使用 rpy2 设置格子图选项时出现问题

Question

我正在尝试使用 numpy 数组中的数据、rpy2 和lattice 创建热图或颜色强度图。我正在使用 python 2.6.2、R 2.10.1、rpy2 2.1.9，不确定是哪个版本的lattice。我已经让它工作得很好，除了我需要修改用于绘制相关变量 (z) 水平的颜色渐变的默认晶格设置。具体来说，我想要灰度而不是洋红-青色默认渐变。下面是生成虚拟数据帧并在 vanilla R 中创建灰度图的代码：

library(lattice)

x <- rep(seq(1,10), each=10)
y <- rep(seq(1,10), 10)
z <- abs(rnorm(100))
z <- z/max(z)
df <- data.frame(x=x, y=y, z=z)

grayvector <- gray(seq(0,1,1/100))

foo <- levelplot(z ~ x * y, data=df, col.regions = grayvector)
print foo

使用 rpy2，我无法设置 col.regions 参数。根据文档，rpy2 应该将任何 . _ 的函数参数中的字符。然而，这似乎不起作用，因为使用 col_regions 会导致参数被忽略。这是生成 levelplot 的 python 代码，但没有灰度：

from __future__ import division
import rpy2.robjects as ro
from rpy2.robjects.packages import importr
r = ro.r
lattice = importr("lattice")

grayvector = r.gray( r.seq(0, 1, 1/100))   
x = r.rep(r.seq(1,10), each=10)
y = r.rep(r.seq(1,10), 10)
z = r.abs(r.rnorm(100))

df = {'x': x, 'y' :y, 'z':z}
df = ro.DataFrame(foo)

formula = ro.Formula('z ~ x * y')
formula.getenvironment()['z'] = df.rx2('z')
formula.getenvironment()['y'] = df.rx2('y')
formula.getenvironment()['z'] = df.rx2('z')

foo = lattice.levelplot(formula, data=df, col_regions = grayvector)
print foo

有谁知道如何使用带有 .在 rpy2 中？

Answer 1

您需要手动指定参数映射：

from rpy2.robjects.functions import SignatureTranslatedFunction
lattice = importr("lattice")
lattice.levelplot = SignatureTranslatedFunction(lattice.levelplot,
                                                init_prm_translate={'col_regions': 'col.regions'})
foo = lattice.levelplot(formula, data=df, col_regions=grayvector)

还要检查一下： http:// /rpy.sourceforge.net/rpy2/doc-2.2/html/robjects_functions.html

重要的是要了解
翻译是通过检查来完成的
R 函数的签名，并且
从 R 中猜不到太多
省略号“...”只要存在。