Perl 中的 Bioperl 测试错误

Question

这里是新手，我正在尝试在 perl 环境中使用 Bioperl 模块。我的配置是

• Windows Vista/32
• Active Perl 5.10.1
• Bioperl 1.6.1
• Padre 和 Per Studio 2010 IDE

对于安装指南，我浏览了 BioPerlWiki并使用PPM方法。我安装成功了。

为了检查 Bioperl 是否正常工作，我进一步遵循：

use Bio::Perl;  // Is working without error

但是当我尝试进行进一步检查时，例如“

#!C:\Perl\bin
use Bio::Perl;
use strict;
$seq_object = get_sequence('swissprot',"ROA1_HUMAN");
write_sequence(">roa1.fasta",'fasta',$seq_object);

然后我收到错误”，

Global symbol "$seq_object" requires explicit packages name at c:\.......\example.pl line 4
Global symbol "$seq_object" requires explicit package name at c:\........\example.pl line 5
Execution of C:\...... \example.pl aborted due to compilation erros

我进入了 c:\perldoc Bio::Perl 并知道它的用途，更多我也尝试通过谷歌找出错误，但不知道出了什么问题。

我知道 Perl 和 bioperl 也在系统路径中。谁能指出我犯过哪些愚蠢的错误？

也会向bioperl邮件列表询问，但我知道他们的回复不像stackoverflow那么快

谢谢

Answer 1

您可以使用 diagnostics 编译指示来扩展 Perl 发出的诊断信息：

use diagnostics;
# your_code

这将为您提供详细的解释:

您说过“use strict”或“use strict vars”，这表明
所有变量必须具有词法作用域（使用“my”），
事先使用“我们的”声明，或明确限定说
全局变量位于哪个包中（使用“::”）。