交互式工作（rkward）的 ggplot2 代码在 Lyx/pgfSweave 下崩溃 - 请提示！

Question

我在 *.Rnw.log 中遇到以下错误：

Error:  chunk 3 (label=printgraph) 
Error in grid.Call.graphics("L_text", as.graphicsAnnot(x$label), x$x,  : 
  Metric information not available for this family/device 

仅在 Lyx 中并取决于

+ scale_y_log10(ylim=c(0.025,5)) 

以下示例代码中的语句：

<<Code, tidy=T, sanitize=TRUE>>= 
require(ggplot2)
df.qdf=data.frame(T     =     c(0    ,1,2  ,0    ,1.5,2.5)
                 ,q.500 =     c(0.025,2,1  ,0.025,  4,2  )
                 ,q.025 = 0.5*c(0.025,2,1  ,0.025,  4,2  )
                 ,q.975 = 1.5*c(0.025,2,1  ,0.025,  4,2  )
                 ,Occasion  = c(    1,1,1  ,2    ,  2,2  )
                 )
theme_set(theme_bw())
Graph=(qplot(T,q.500,data=df.qdf) 
      +geom_smooth(aes(ymin=q.025,ymax=q.975)
                  ,data=df.qdf
                  ,stat='identity'
                  ,fill='blue') 
      +ylab('Response')
      +xlab('Time [h]')
      +facet_grid(facet=.~Occasion)
      ) +scale_y_log10(ylim=c(0.025,5))
@

<<printgraph,echo=FALSE,fig=TRUE,width=10,height=7,sanitize=TRUE>>=
print(Graph)
@

在

• openSUSE 11.2、
• TeXlive2010 下（更新截至今天为止安装的所有内容）、
• R 版本 2.12.1（2010- 12-16) svn rev 53855 (x86_64-unknown-linux-gnu) with update.packages() 截至今天，
• LyX 1.6.8（TeXLive 更新后重新配置），
• 2010 年 12 月 18 日的 pgfSweave 根据 Yihui Xie 的脚本配置 ('http://gitorious.org/yihui/lyx-sweave/blobs/raw/master/lyx-sweave-config.R') （谢谢一辉！）

代码

1. 粘贴到rkward的R命令窗口中可以正常工作。
2. 在 lyx 中，当我注释掉 +scale_y_log10(ylim=c(0.025,5))

我已经尝试过

sanitize=TRUE
options(device = function(...) {     .Call("R_GD_nullDevice", PACKAGE = "grDevices") })

并且

dev.off() 

（在 http://www.inside-r.org/questions/problems-ggplot-and-pgfsweave）

这些都没有帮助。 请！

Answer 1

我必须承认，这又是我的直接错误（间接的可能是 Sweave 的错）。我对 R 中未记录的“空图形设备”过于大胆和乐观，Cameron 被我误导了：

http://yihui.name/en/2010/12/a-special-graphics-device-in -r-the-null-device/

虽然这个空设备可以稍微加快 Sweave 速度并避免产生不必要的图形文件，但它似乎无法处理所有图形系统。当我编写该解决方案时，我没有仔细测试 ggplot2（即网格图形）。

> .Call("R_GD_nullDevice", PACKAGE = "grDevices")
NULL
> print(Graph)
Error in grid.Call.graphics("L_text", as.graphicsAnnot(x$label), x$x,  : 
  Metric information not available for this family/device
> dev.off()
null device 
          1 

目前，您可以将其放在 Sweave 文档的第一个代码块中：

options(device = pdf)

这将显示一个冗余的 PDF 文件 (Rplots.pdf)，但无论如何都可以解决您的问题。

稍后我将与 pgfSweave 作者或 Sweave 作者讨论。这在 Sweave 中似乎很容易改进，但问题已经存在很多年了。