bash 中的命令行参数到 Rscript

Question

我有一个 bash 脚本，它创建一个 csv 文件和一个从中创建图形的 R 文件。

在 bash 脚本的末尾，我调用 Rscript Graphs.R 10

我得到的响应如下：

Error in is.vector(X) : subscript out of bounds
Calls: print ... <Anonymous> -> lapply -> FUN -> lapply -> is.vector
Execution halted

我的 Graphs.R 的前几行是：

#!/bin/Rscript
args <- commandArgs(TRUE)
CorrAns = args[1]

不知道我做错了什么？在我看来，网上的建议应该可行。很难理解 commandArgs

Answer 1

通过 args.R 中的以下内容

print(commandArgs(TRUE)[1])

和 args.sh 中的以下内容，

Rscript args.R 10

我从 bash args.sh 获得以下输出

[1] "10"

，并且没有错误。如有必要，请使用 as.numeric(commandArgs(TRUE)[1]) 转换为数字类型。

Answer 2

只是猜测，也许您需要将 CorrAns 从字符转换为数字，因为 ?CommandArgs 的 Value 部分表示：

包含名称的字符向量
可执行文件和
用户提供的命令行参数。

更新：它可能很简单：

#!/bin/Rscript
args <- commandArgs(TRUE)
(CorrAns = args[1])
(CorrAns = as.numeric(args[1]))

Answer 3

阅读文档，看来你可能需要从对 commandArgs() 的调用中删除 TRUE，因为您不使用 --args 调用脚本。要么这样，要么您需要调用 Rscript Graphs.R --args 10 。

使用

commandArgs(trailingOnly = FALSE)

参数

trailingOnly 逻辑。应该只
返回 --args 之后的参数？

Answer 4

Rscript args.R 10 其中 10 是我们要传递给 R 脚本的数值。

print(as.numeric(commandArgs(TRUE)[1]) 打印出可以分配给变量的值。